1. Malgré la complexité du système décrit par Behe, le transport de protéines n’a pas besoin d’être aussi complexe. Certaines protéines dirigent leur propre sécrétion de sorte qu'aucun mécanisme de transport n'est nécessaire (voir références dans Ussery 1999). Certainement, d'autres systèmes simples pouvant servir de précurseurs au transport vésiculaire devraient être possibles.

2. Un grand nombre des protéines impliquées dans le transport dans les cellules eucaryotes ont des “ancêtres” moléculaires dans les bactéries. Ces molécules, les transporteurs ABC, servent dans un système beaucoup plus simple. Si Behe est intéressé par le système le plus simple qui remplit une fonction, pourquoi ne la mentionne-t-il même pas?

3. La complexité irréductible n'est pas un obstacle à l'évolution et n'implique pas de conception.

• Appel à l’ignorance

• Certains systèmes sont irréductiblement complexes
• Réponse d'un biochimiste au défi biochimique à l'évolution - Critique du livre de Mickael Behe, Darwin's Black Box par David Ussery, 2000
• Le flagelle bactérien est irréductiblement complexe
• La coagulation du sang est irréductiblement complexe.
• Le système immunitaire est irréductiblement complexe
• La voie métabolique de la synthèse de l'AMP est trop complexe pour avoir évolué

• Claim CB200.3. Protein transport within a cell is irreducibly complex. - Index to Creationnist Claims, par Mark Isaak

• Ussery, David, 1999. A biochemist's response to "The biochemical challenge to evolution". Bios 70: 40-45. archive , traduction disponible