1. Une complexité irréductible (IC) peut évoluer. Elle est défini comme un système qui perd sa fonction si une partie est supprimée, ce qui indique uniquement que le système n'a pas évolué en ajoutant des parties uniques sans changement de fonction. Cela laisse encore plusieurs mécanismes évolutifs:

• suppression de pièces

• ajout de plusieurs parties; par exemple, duplication d'une grande partie ou de la totalité du système²⁾

• changement de fonction

• ajout d'une seconde fonction à une pièce³⁾

• modification progressive des pièces

Tous ces mécanismes ont été observés dans les mutations génétiques. En particulier, les délétions et les duplications géniques sont assez courantes ^{4) 5) 6)} et, ensemble, elles rendent des systèmes complexes non seulement possible mais attendue. En fait, il a été prédit par le généticien Hermann Muller, lauréat d'un prix Nobel, il y a près d'un siècle ⁷⁾. Muller l'a qualifié de complexité imbriquée ⁸⁾ et l'évolution d'un système “irréductible” d'un système récepteur-hormone a été élucidée ⁹⁾. L'irréductibilité n'est pas un obstacle à leur formation.

2. Les expériences en laboratoires prouvent la possibilité des mécanismes précédents pour créer des systèmes complexité irréductible : Dans l'expérience de Lenski^{10) 11)}, une des 12 colonies de bactérie E. Coli a acquis la capacité d’absorber le citrate, grâce à 2 mutations, séparées par 13000 générations.

3. Même si une complexité irréductible pourrait être effectivement interdite par l'évolution darwinienne, cela ne prouve pas pour autant une conception extérieure. D'autres processus pourraient l'avoir produits (rappelons que l’évolution ne se base pas uniquement sur la sélection naturelle). La complexité irréductible est un exemple d'argument d'incrédulité.

4.La complexité irréductible est mal définie. Il est défini en termes de parties, mais ce qu’est une “partie” est loin d’être évident. Logiquement, les parties doivent être des atomes individuels, car elles constituent le niveau d'organisation qui ne se subdivise pas davantage en biochimie, et elles constituent le plus petit niveau pris en compte par les biochimistes dans leur analyse.

Michael Behe, le grand promoteur de cette affirmation, a cependant considéré les ensembles de molécules comme des pièces individuelles et il n'a donné aucune justification pour cela.

Comme exemple simple du problème que pose les parties, prenons une jambe : une jambe sert à marcher et si on en retire une partie, elle ne fonctionnera plus. C'est donc un système IC. Mais une jambe peut évoluer d'une patte, qui peut évoluer depuis une nageoire osseuse plus simple, etc… L’erreur des créationnistes est de regarder le résultat final, et de suggérer qu'il serait apparu d'un coup, tel quel. C'est exactement le contraire du fonctionnement de l'évolution.

5. Les systèmes considérés comme irréductiblement complexes pourraient ne pas l'être. Par exemple:

• La souricière utilisée par Behe ​​comme exemple de complexité irréductible peut être simplifiée en pliant légèrement le bras de maintien et en retirant le loquet.

• Le flagelle bactérien n’est pas irréductiblement complexe car il peut perdre de nombreuses parties et continuer à fonctionner, qu’il s’agisse d’un flagelle plus simple ou d’un système de sécrétion. On sait que de nombreuses protéines du flagellum eucaryote (également appelé cilium ou undulipodium) sont dispensables, car il existe des flagelles de nage fonctionnels dépourvus de ces protéines.

• Malgré la complexité de l'exemple de transport de protéines de Behe, il existe d'autres protéines pour lesquelles aucun transport n'est nécessaire¹²⁾.

• L'exemple du système immunitaire utilisé par Behe ​​n'est pas irréductiblement complexe, car les anticorps qui marquent les cellules envahissantes pour la destruction pourraient eux-mêmes entraver la fonction de ces cellules, permettant ainsi au système de fonctionner (même si ce n'est pas aussi bien) sans les molécules destructrices du système du complément. Le système immunitaire est d'ailleurs un bon exemple de système complexe qui peut être expliqué par les principes simples de la théorie de l'évolution, à parti de duplications et modifications d'éléments existants.

6. Même si ça n'est pas une réponse à la question initiale, précisons que Behe ment carrément^{13) 14)} dans ce livre, en affirmant qu'il n’existe pas¹⁵⁾ de littérature scientifique sur l'évolution de tels système, ce qui, même en étant très tolérant, est difficile à mettre sur le compte de l'erreur, de la part d'un biochimiste.

D'ailleurs, dans le même livre¹⁶⁾, Behe reconnait que la biologie évolutionniste a eu “beaucoup de succès pour expliquer les schémas de vie que nous voyons autour de nous” et n'avait aucun problème avec la notion d'ascendance commune. Il déclare très clairement que l'évolution peut produire de nouvelles espèces, et que les êtres humains font partie de ces espèces. ¹⁷⁾

• L'argument d'incrédulité
• Mensonges

• Le flagelle bactérien est irréductiblement complexe
• L’Intelligent Design est scientifique
• La théorie de la conception intelligente n'est pas religieuse
• Le design intelligent n'est pas créationniste
• La conception est détectable
• Réponse d'un biochimiste au défi biochimique à l'évolution - Critique du livre de Mickael Behe, Darwin's Black Box par David Ussery, 2000
• Evolution de la coagulation du sang des vertébrés - Ken Miller
• L'IC Démystifiée - Pete Dunkelberg, 2003
• Pas de buffet gratuit mais une boite de chocolat. Une critique du livre de William Dembski No Free Lunch Par Richard Wein - 2002

• CB200: Irreducible complexity - Index to Creationnist Claims, par Mark Isaak
• Complexité irréductible, wikipedia
• Irreducible complexity and Michael Behe - TalkOrigins Archive. nd .
• Irreducible Complexity Demystified, Pete Dunkelberg, April 2003
• Complexity--yes! Irreducible--maybe! Unexplainable--no! A creationist criticism of irreducible complexity, Gray, Terry M. 1999.
• Review: "Darwin's black box, the biochemical challenge to evolution" by Michael Behe, Lindsay, Don. 1996.
• Irreducible Complexity' Reflects Human Ignorance, ERV, 2007.
• Finding Darwin's God - Ken Miller, 1999. Harper-Collins, chap. 5.
• Redundant complexity: A analysis of intelligent design in biochemistry, Shanks, N. and KH Joplin. 1999. Philosophy of Science 66: 268-298.
• A biochemist's response to "The biochemical challenge to evolution", David Ussery, 1999. Bios 70: 40-45.
• Irreducible complexity, rationalwiki.org