Il existe de nombreux fossiles intermédiaires, mais on ne peut avoir la trace de tous les organismes nous ayant précédé sur terre. Les créationnistes exigent toujours un intermédiaire supplémentaire (appel à l’ignorance), jusqu’à en trouver un qui manque. Mais cela n’invalide pas l’évolution.

1) Il faut déjà préciser que, encore plus que l’ « espèce », ou le « vivant », un fossile intermédiaire est un concept difficilement définissable, voir parfois carrément subjectif. Certains caractères nous (humains) apparaissent comme plus importants que d’autres, en particulier les caractères morphologiques. Mais dans un monde où toutes les espèces sont apparentées et évoluent les unes des autres, chaque forme de vie est un intermédiaire entre ses descendants et ses ascendants. Homo sapiens est un intermédiaire entre l’espèce précédente et celle qui nous succédera.

On considère comme intermédiaire une espèce où apparaît un caractère (généralement morphologique) qui est transmis à l’ensemble d’un groupe de descendants (ex : les plumes pour les oiseaux). Mais dans la logique créationniste, si les espèces sont indépendantes, cela ne se base sur rien et aucun caractère n’est intermédiaire (ce qui ne les empêche pas d’utiliser l’argument, évidemment).

2) L'évolution biologique (et sa théorie) étant parfois mal comprise, le concept d'intermédiaire l'est tout autant. On a ainsi parfois des créationnistes qui réclament des formes qui n’ont jamais existé (et donc n’ont jamais été trouvé) : c’est l’argument du manque de fossile à demi-nageoire ou à demi-aile (dans le sens moignon). Or ces formes sont impossibles car elle représenteraient un handicap pour l’espèce, certainement mortelle. Dans la théorie de l’évolution, touts les intermédiaires sont forcements viables. Cet argument, utilisé dans cette version, dénote d’une très mauvaise compréhension de l’évolution, car si ces fossiles existaient, non seulement seraient en contradiction avec la théorie de l’évolution mais seraient plutôt une preuve pour le créationnisme (un organisme dont des caractères apparaissent pour un but futur).

3) Les fossiles de transition peuvent coexister avec des trous. Le processus de fossilisation est un processus rare, qui ne conserve généralement que les parties dures (squelettes, dents), les parties molles sont conservées de façon encore plus exceptionnelles. La paléontologie se rapproche d’un puzzle : chaque fossile est une nouvelle pièce. On a une idée du tableau général mais il manquera toujours des pièces. Contrairement aux assertions créationnistes, il est impossible de trouver des séquences de fossiles complètement détaillées, sans aucun manque, sur une durée de plusieurs millions d’années. Dans une stratégie de « fuite en avant », le créationniste va demander un intermédiaire, puis l’intermédiaire précédent, puis un autre, etc.. A un moment, il tombera forcément sur une forme inconnue. Il emploiera alors l’appel à l’ignorance pour dire que ce n’est pas prouvé. C’est le problème de la non opposabilité du créationnisme. Cependant, les lignées complètes ne sont pas nécessaires; et de toute façon, même s'ils étaient trouvés, sans l’ADN, on ne pourrait prouver que les fossiles seraient des ancêtres directs (c’est pourquoi les arbres phylogénétiques ne montrent pas des liens d’ascendance mais des liens de parenté). Ce que le registre fossile montre, c’est l’apparition et la transmission de caractères morphologiques, et pas l’apparition de caractères (même secondaire) de façon disparate entre les groupes. Par exemple les cranes des vertébrés.

4) Il existe de très nombreux formes intermédiaires dans le registre fossile (voir point suivant). La seule façon de le nier, mis à part ignorer complètement les fossiles découverts, est de redéfinir constamment leur définition de “transitoire” ou « intermédiaire » jusqu’à tomber sur un fossile manquant. Ainsi, archéoptéryx³⁾, qui est objectivement un intermédiaire quasi-parfait (au point de paraître pendant longtemps trop parfait aux yeux des scientifiques) entre oiseaux et dinosaures, est parfois rejeté car (au choix) soit trop proche des oiseaux, soit trop proche des dinosaures. Et de toute façon, il manque un intermédiaire précédent ou suivant (cf point précédent).

De la même façon, si on présente 2 espèces avec une morphologie quasi-identiques, on a une réponse du genre : c’est la même espèce· (même avec des espèces actuelles où l’impossibilité de reproduction prouve le caractère différent des 2 espèces).

5) Il existe de très nombreux formes intermédiaires (au sens commun) dans le registre fossile, présentant une mosaïque de caractéristiques d'un organisme plus ancien et plus récent, conformément à ce que prédit la théorie de l'évolution :

• Ascendance humaine. Il existe de nombreux fossiles d'ancêtres humains et les différences entre les espèces sont tellement graduelles qu'il n'est pas toujours évident de tracer une ligne de démarcation entre eux.
• Les cornes de Brontotheriidae (mammifères éteints du Cénozoïque) apparaissent dans des tailles de plus en plus grandes, allant de rien à la proéminence. D'autres caractéristiques de la tête et du cou ont également évolué. Ces caractéristiques sont des adaptations à la frappe frontale analogues au comportement des moutons ⁴⁾.
• Une séquence progressive⁵⁾ de fossiles transitoires relie les foraminifères Globigerinoides trilobus et Orbulina universa. O. universa, le dernier fossile, présente un test sphérique entourant une coquille “semblable à Globigerinoides”, montrant qu'une caractéristique a été ajoutée, pas perdue. Les preuves sont visibles dans tous les principaux bassins océaniques tropicaux. Plusieurs formes intermédiaires relient les deux espèces ⁶⁾.
• Les archives fossiles montrent des transitions entre les espèces de Phacops (un trilobite; Phacops rana est le fossile de l’État de Pennsylvanie; ⁷⁾; ^{8) 9)}
• Planktonic forminifera. C'est un exemple de gradualisme ponctué¹⁰⁾. Des archives de fossiles de foraminifères datant de dix millions d’années montrent de longues périodes de stase et d’autres périodes de changements morphologiques relativement rapides mais toujours progressifs.
• Les fossiles de la diatomée Rhizosolenia sont très courants (ils sont exploités sous forme de terre à diatomées) et présentent un enregistrement continu de près de deux millions d'années, y compris l'enregistrement d'un événement de spéciation¹¹⁾.
• Les espèces de mollusques du lac Turkana ¹²⁾.
• les Ostracodes marins cénozoïques¹³⁾.
• Les primates de l’éocène du genre Cantius ^{14) 15)16)}
• Les coquilles Saint-Jacques du genre Chesapecten montrent un changement progressif de leur charnière au cours d'environ 13 millions d'années. Les côtes changent également ¹⁷⁾; ¹⁸⁾.
• L’évolution des taille et l’épaisseur de gryphées Gryphaea (huitres)¹⁹⁾, ²⁰⁾.
• Les cœlacanthes fossiles ^{21) 22)}

• L’ascendance humaine. L'australopithèque, bien que ses os de la jambe et du bassin montrent qu'il pouvait marcher debout, aurait également marché sur les articulations des doigts ²³⁾.
• Les transitions dinosaures-oiseaux.
• Haasiophis terrasanctus est un serpent marin primitif aux membres postérieurs bien développés. Bien que d'autres serpents sans membre puissent être plus ancestraux, ce fossile montre une relation de serpents avec des ancêtres avec membre ²⁴⁾. ²⁵⁾. Pachyrhachis est un autre serpent à pattes se rapprochant de Haasiophis ²⁶⁾. On peut également citer Eupodophis descouensi²⁷⁾
• Les mâchoires des mosasaures sont également intermédiaires entre les serpents et les lézards. Comme les mâchoires extensibles du serpent, elles ont une mâchoire inférieure très flexible, mais contrairement aux serpents, elles ne possèdent pas de mâchoire supérieure très flexibles. Certaines autres caractéristiques crâniennes des mosasaures sont intermédiaires entre les serpents et les lézards primitifs ²⁸⁾,²⁹⁾,³⁰⁾.
• Transitions entre les mésonychiens et les baleines.
• Transitions entre les poissons et les tétrapodes.
• Transitions de condylarthres (une sorte de mammifère terrestre) à des lamantins modernes entièrement aquatiques. En particulier, Pezosiren portelli est clairement un sirénien, mais ses membres postérieurs et son bassin ne sont pas réduits ³¹⁾³²⁾
• Runcaria plante du Dévonien moyen, était un précurseur des plantes à graines. Il possédait toutes les caractéristiques des graines, à l’exception d’une enveloppe solide et d’un système permettant de guider le pollen vers la graine (Gerrienne, P. et al. 2004. Runcaria, a Middle Devonian seed plant precursor. Science 306: 856-858).
• Une abeille, Melittosphex burmensis, conservée dans de l'ambre du Crétacé inférieur, présente les caractéristiques primitives attendues d'une transition entre les guêpes crabronidés et les abeilles actuelles ³³⁾
• Asteriornis, intermédiaire entre les poules et les canards³⁴⁾
• Tiktaalik, organisme aquatique étroitement relié aux premiers vertébrés à avoir marché sur la terre ferme.
• Kylinxia zhangi, arthropode primitif, présentant des caractéristiques d'arthropodes modernes et des particularités morphologiques évoquant des formes ancestrales comme ses 5 yeux^{35) 36)}
• Cantabrigiaster fezouataensis est un fossile de 480 Ma qui montre l'origine des étoiles de mer ^{37) 38) 39)}.
• Yuanmoupithecus xiaoyuan est un fossile illustrant l'évolution de la famille des Hylobatidés ⁴⁰⁾
• Bellairsia gracilis est l'un des squamates les plus anciens ⁴¹⁾

• Les fossiles du Cambrien Halkiera et Wiwaxia ont des caractéristiques qui les lient entre eux et avec les embranchements modernes de Mollusca, Brachiopoda, and Annelida⁴²⁾.
• Gangtoucunia aspera est un précurseur des cnidaires datant du cambrien ⁴³⁾.
• Les fossiles du Cambrien et du Précambrien Anomalocaris et Opabinia sont une transition entre les arthropodes et les lobopodes.
• On a découvert un échinoderme ancestral intermédiaire entre les échinodermes modernes et les Deutérostomiens ⁴⁴⁾.
• Ikaria wariootia présente les caractéristiques nécessaires pour prétendre au titre d’ancêtre de tous les animaux⁴⁵⁾.
• Proterocladus antiquus, plus ancienne algue verte découverte⁴⁶⁾.
• Yilingia spiciformis, qui présente des caractéristiques complexes avant l'explosion cambrienne⁴⁷⁾
• Protocodium sinense est une algue primitive qui a éclairée l'apparition des plantes⁴⁸⁾
• Des fossiles de poissons trouvé au sud de la Chine a livré de nouveaux fossiles, datant du Silurien précoce (entre 439 et 436 Ma) qui donnent un éclairage sur l'apparition de la mâchoire⁴⁹⁾. On peut citer Fanjingshania Qianodus Shenacanthus Tujiaaspis ou Xiushanosteus ^{50) 51) 52) 53) 54)}

• Imprécision (volontaire ?)
• Occultations des faits

• CC200. Transitional fossils are lacking - Index to Creationnist Claims, par Mark Isaak
• Fossiles les plus anciens sur Wikipédia
• Après plus d'un siècle, il y a encore moins d'exemples de transitions qu'à l'époque de Darwin - TJ encyclopédie
• Pourquoi ne trouve-t-on pas pas tous les fossiles dans une lignée ?, hominidés.com
• Que nous montrent les données fossiles ?, scienceetfoi.com
• Hunt, Kathleen. 1994-1997. Transitional vertebrate fossils FAQ.
• Miller, Keith B. n.d. Taxonomy, transitional forms, and the fossil record. http://www.asa3.org/ASA/resources/Miller.html
• Transitional fossil species and modes of speciation. Patterson, Bob. 2002.
• Thompson, Tim. 1999. On creation science and transitional fossils.
• Cohn, Martin J. and Cheryll Tickle. 1999. Developmental basis of limblessness and axial patterning in snakes. Nature 399: 474-479. (technical)
• Cuffey, Clifford A. 2001. The fossil record: Evolution or “scientific creation”. http://www.gcssepm.org/special/cuffey_00.htm or http://www.nogs.org/cuffeyart.html
• Elsberry, Wesley R. 1995. Transitional fossil challenge. http://www.rtis.com/nat/user/elsberry/evobio/evc/argresp/tranform.html
• Godfrey, L. R. 1983. Creationism and gaps in the fossil record. In: Godfrey, L. R. (ed.), Scientists Confront Creationism, New York: W. W. Norton, pp. 193-218.
• Morton, Glenn R. 2000. Phylum level evolution. http://home.entouch.net/dmd/cambevol.htm
• Strahler, Arthur N. 1987. Science and Earth History, Buffalo, NY: Prometheus Books, pp. 398-400.
• Zimmer, Carl. 2000. In search of vertebrate origins: Beyond brain and bone. Science 287: 1576-1579.

• L’évolution n’est pas prouvée