1. L'intégration fonctionnelle peut être produite naturellement. Il est courant de voir des parties qui se rejoignent et qui, avec l’ajout d’énergie, interagissent. Il est inévitable que, parfois, de tels assemblages créent une fin que quelqu'un ou quelque chose considère comme fonctionnelle.

Le climat est un exemple d'intégration de ce type qui se produit naturellement (il a même été proposé comme preuve d'une conception intelligente ²⁾). Le climat est produit par les interactions du terrain, des alizés, des plans d'eau et de la latitude. Celles-ci peuvent survenir de manière arbitraire, mais elles sont forcées à créer un climat fonctionnel.

2. L'intégration fonctionnelle est ce que nous attendions de l'évolution. L'évolution nécessite des unités qui se reproduisent. “Unités” implique au moins une certaine intégration et la reproduction est une fonction. (Et la sélection naturelle favorisera d'innombrables autres fonctions qui contribuent à la survie et à la reproduction.)

3. Les systèmes biologiques incluent souvent des imperfections et des bricolages qui plaident contre une planification intelligente de leur intégration. Par exemple:

• L'ADN inclut parfois une séquence “fausse” qui, si elle n'était pas modifiée après la transcription de l'ADN, serait fatale. Par exemple, un gène impliqué dans les neurones de souris contient un codon spécifiant la glutamine. Chez les souris normales, une enzyme modifie l'ARN transcrit à partir de l'ADN, de sorte que le codon spécifie l'arginine. Les souris meurent si cette enzyme d'édition est désactivée. Mais les souris génétiquement modifiées avec de l'ADN pour l'arginine sont en bonne santé, même sans l'enzyme d'édition ³⁾.
• Chez les hommes, l'urètre traverse la prostate. Lorsque la prostate est infectée et se gonfle, comme cela a tendance à se produire, cela pose des problèmes non seulement de reproduction, mais aussi de système excréteur ⁴⁾.
• Bien que les baleines à fanons soient sans dents à l'âge adulte, leurs fœtus ont des dents qui se résorbent au fur et à mesure de leur maturité ⁵⁾.

Les exemples de ce type abondent ^{6) 7)}.

4. L'intégration fonctionnelle n'est pas une partie nécessaire de la conception. Il n'existe pas dans les conceptions simples sans plusieurs pièces, par exemple. Étant donné que l'évolution produit toujours une intégration fonctionnelle, contrairement à la conception, l'intégration fonctionnelle est une preuve plus évidente de l'évolution que de la conception.

• Biais téléologique
• Occultation des faits

• La conception est détectable
• La complexité indique la conception
• Le but indique la conception
• Les similitudes dans l'ADN et l'anatomie sont dues à une conception commune

• Claim CI130 Functional integration indicates design. - Index to Creationnist Claims, par Mark Isaak
• Colby, Chris et al., 1993. Evidence for jury-rigged design in nature. http://www.talkorigins.org/faqs/jury-rigged.html
• Behrman, Edward J., George A. Marzluf and Ronald Bentley, 2004. Evidence from biochemical pathways in favor of unfinished evolution rather than intelligent design. Journal of Chemical Education 81(7): 1051-1052.