Il est parfaitement exact qu’il est impossible de prouver un ascendance directe entre 2 fossiles, même extrêmement proches. Il faudrait pour cela disposer de leur ADN. Il est même certain que certaines spécimens, considérés comme une seule espèce au sens paléontologique, auraient été considéré comme des espèces distinctes si elles vivaient à notre époque. Mais tout cela invalide aucunement les preuves de l’évolution apportées par la paléontologie.
1. Une connaissance parfaite n'est pas nécessaire pour vérifier un schéma. On n'a pas besoin de regarder Jupiter constamment pendant douze ans, sans cligner des yeux, pour vérifier qu'il tourne autour du soleil. Une ascendance commune implique un modèle de changement progressif et de diversification dans le temps. Les millions de fossiles qui ont été découverts sont compatibles avec ce modèle, et ils ne sont compatibles avec aucun autre modèle proposé. (En particulier, ils excluent la possibilité que toutes les formes de vie actuelles aient existé essentiellement sous la même forme tout au long de l'histoire de la vie.).
Il est concevable que des fossiles qui n'ont pas été trouvés puissent différer énormément de ce modèle, tout comme il est concevable que Jupiter pourrait zigzaguer à travers le système solaire pendant que nous clignions des yeux, mais il n'y a aucune raison de le penser.
Un fossile de transition est simplement un fossile qui présente des traits intermédiaires entre deux autres fossiles. Les fossiles de transition montrent clairement les relations, et parfois, ils donnent des détails sur la façon dont des caractéristiques particulières sont apparues. Par exemple, les fossiles de transition des reptiles aux mammifères montrent comment les os de l'oreille interne se sont développés. Ces modèles sont valides que les fossiles soient reliés par ascendance directe ou par une autre relation. Et puisque nous nous attendons à ce que les lignages latéraux éteints soient courants, nous aurions des preuves contre l’évolution si la plupart des fossiles de transition ne provenaient pas de lignages latéraux éteints.
2. L’affirmation, en parlant de lignes éteintes, reconnaît implicitement l’existence des fossiles de transition et la validité des schéma des d’ascendance et de descendances des fossiles retrouvés. Si l’évolution n’existait pas, on ne pourrait aucunement regrouper les formes de vie passés dans des arbres phylogénétiques, il n’existerait aucune logique permettant de passer d’une forme de vie à une autre. Or c’est exactement le contraire qu’on observe, et même l'affirmation est obligée de le reconnaître.
3. Les connaissances progressent en soumettant les hypothèses à des tests permettant de distinguer efficacement une hypothèse d'une autre. Les preuves fossiles, ainsi que d’autres types de preuves, permettent de le faire. Étant donné qu’aucune hypothèse ne satisferait l'exigence de Wells d'acquérir une connaissance parfaite avant de l'accepter, sa méthode n'est pas efficace. Cela ne peut que servir à renforcer ses propres idées préconçues. Wells lui-même préconise d'autres propositions, basées sur beaucoup moins de preuves, pour le dire gentiment. Selon sa méthode, non seulement il faudrait refuser toute science mais également toute forme de connaissance. Et les religions en premier lieu.