1. Contrairement à l'utilisation détournée fait par les créationnistes, la théorie des équilibres ponctués ne repose pas sur un manque de formes intermédiaires entre taxons de haut niveau (qui sont très nombreux), mais au niveau des espèces. Gould précise : « Les formes intermédiaires manquent habituellement au niveau des espèces, mais elles abondent entre groupes plus vastes »3)
2. La théorie des équilibres ponctuées est basée sur les preuves, incluant l’étude des espèces actuelles et des groupes éteints 4). L'idée du gradualisme phylétique, invoquée pour justifier un manque de lacunes, ne correspond pas aux preuves de la biologie des populations.
3. Il n'y a rien de mal à proposer des théories adaptées aux données. C’est ainsi que les théories scientifiques progressent (c’est d’ailleurs le sens du mot théorie de « théorie scientifique » : quelque chose qui peut progresser, être amélioré, quelque chose de perfectible).
4. Certains des exemples à l'appui de la théorie ont été contredits par des découvertes ultérieures, indiquant que les “sauts” de fossiles étaient bien dû à des artéfacts de fossilisation5). Même si en partie contredite, la théorie a malgré tout imposée l'idée que l'évolution n'est pas un phénomène régulier.