1. Ceci est un exemple d’incrédulité, car il y a beaucoup de systèmes irréductiblement complexes qui peuvent évoluer naturellement. Beaucoup de protéines du flagelle bactérien ou du cil eucaryote sont similaires les unes aux autres ou à des protéines remplissant d'autres fonctions. Leurs origines peuvent facilement être expliquées par une série d'événements de duplication de gènes suivis de modifications et / ou de cooptations, passant progressivement par des systèmes intermédiaires différents et plus simples que le flagellum final.
Un chemin plausible pour l'évolution des flagelles passe par les étapes fondamentales suivantes (il faut garder à l'esprit qu'il s'agit d'un résumé et que chaque événement de cooptation majeur serait suivi de longues périodes d'optimisation progressive de la fonction) :
Le cil eucaryote (aussi appelé flagellum eucaryote ou undulipodium) est fondamentalement différent du flagellum bactérien. Il s’agit probablement d’une excroissance du fuseau mitotique chez un eucaryote primitif (les deux structures utilisent des microtubules et des dynéines). Cavalier-Smith 4) 5) a étudié de l'origine de ces systèmes à plusieurs reprises.
2. Le flagelle bactérien n'est même pas irréductible. Certains flagelles bactériens fonctionnent sans les disques en L et en P. Dans des expériences avec diverses bactéries, certains composants (par exemple, FliH, FliD (cap) et le domaine de la muramidase FlgJ) se sont révélés utiles mais non absolument essentiels 6). Un tiers des 497 acides aminés de la flagelline ont été retirés sans nuire à sa fonction 7). En outre, de nombreuses bactéries possèdent des protéines supplémentaires nécessaires à leur propre flagelle, mais non nécessaires dans le flagelle “standard” bien étudié que l'on trouve chez E. coli. Différentes bactéries ont des nombres différents de protéines flagellaires (dans Helicobacter pylori, par exemple, seules trente-trois protéines sont nécessaires pour produire un flagelle actif), de sorte que l'exemple d'irréductibilité préféré de Behe semble en réalité présenter une certaine variabilité en termes de nombre de pièces requises 8).
Les cils eucaryotes sont fabriqués à partir de plus de 200 protéines distinctes, mais même dans ce cas, l’irréductibilité est illusoire. Behe 9) et Denton 10) ont affirmé que la structure commune 9+2 de la tubuline ne pouvait pas être simplifiée de manière substantielle. On sait pourtant qu'il existe des cils fonctionnels à 3 + 0, dépourvus de nombreux microtubules et de certaines dynéines 11) 12).
3. Les flagelles eubactériens, les flagelles archéobactériens et les cils utilisent des motifs totalement différents pour la même fonction. Il fallait s'y attendre s'ils évoluaient séparément, mais cela n'aurait aucun sens s'ils étaient l'œuvre du même designer.
4. Les tenants de l'ID ont également affirmé que le flagelle bactérien était composé de nombreuses protéines non homologues, invalidant l'explication évolutionniste. Largement exagérée à l'époque (les anti-évolutionnistes parlaient de 30 protéines, quand 2 n'avaient pas d'homologie connue13) ), cette affirmation s'est, sans surprise, révélée fausse, quand des homologies ont été trouvés chez toutes les protéines de flagelle dans une comparaison de 41 espèces différentes14).