Les poches pharyngiennes qui apparaissent dans les embryons ne sont techniquement pas des fentes branchiales, mais cela n’a aucune importance. La raison pour laquelle ils témoignent de l'évolution est que la même structure, quelle que soit sa désignation, apparaît dans tous les embryons de vertébrés.
Louis Agassiz (pas un darwiniste lui-même) a déclaré:
L'évolution darwinienne prédit, entre autres choses, des structures similaires (non identiques) dans des organismes apparentés. Le fait que les poches pharyngées chez les humains soient similaires aux poches pharyngées (ou peu importe comment vous les appelez) chez les poissons est une preuve que les humains et les poissons partagent un ancêtre commun.