La séparation des êtres vivants en groupes spécifiques, basé sur des critères purement objectifs, est en effet, souvent difficile. La différence étant, que si cela s’oppose complètement au créationnisme, cela correspond complètement au modèle évolutionnaire. La conclusion logique de cet argument est que « l’évolution existe, pas le créationnisme ».
1. On s'attend justement à ce que les espèces aient des frontières floues et imprécises car l'évolution est en cours. Certaines espèces sont en train de se former; d'autres sont récemment formés et encore difficiles à identifier des populations initiales. Les complexités de la biologie ajoutent des complications supplémentaires : De nombreuses paires d'espèces restent distinctes malgré quelques hybridations entre elles (particulièrement visible dans les cas de variations clinales, où on observe un « dégradé » de population). Certains groupes sont asexués ou produisent fréquemment des souches asexuées (bactéries). Il est donc souvent difficile de déterminer une séparation en espèces différentes, autrement que sur des critères subjectifs.
Le créationnisme, qui définit les choses comme des espèces créées une fois pour toutes, implique que toutes les espèces soient clairement délimitées et qu’il existe une définition claire et universelle du type ou de l’espèce. Comme il n'y en a pas, c’est le créationnisme, et non la théorie de l'évolution, qui a quelque chose à expliquer et qui se retrouve du coup invalidé par ces difficultés d’identifications.
2. Différentes définitions des espèces servent différents objectifs. Les concepts d'espèce sont utilisés comme unités taxonomiques, pour l'identification et la classification, mais également comme concepts théoriques, pour la modélisation et l'explication. Il y a beaucoup de chevauchement entre les deux objectifs, mais une définition qui sert l'un n'est pas nécessairement la meilleure pour l'autre.
3. En outre, il existe des considérations pratiques qui appellent également des critères d'espèce différents. Les définitions d'espèces appliquées aux fossiles, par exemple, ne peuvent pas être basées sur la génétique ou le comportement, car ces traits ne se fossilisent pas. Certains individus espèces considérées identiques par la paléontologie seraient certainement considérés comme appartenant à des espèces différentes s’ils vivaient à l’heure actuelle.