Ceci est l'exemple par excellence de l'argument d'incrédulité. La source de cette affirmation cite généralement Darwin, affirmant que l'évolution de l'œil semble “absurde au plus haut degré”. Cependant, Darwin poursuit son texte avec une proposition de trois pages et demie d'étapes intermédiaires à travers lesquelles les yeux pourraient avoir évolué par étapes3).
Toutes ces étapes sont connues pour être viables car elles existent toutes chez les animaux vivant de nos jours. Les incréments entre ces étapes sont faibles et peuvent être décomposés en incréments encore plus petits. La sélection naturelle devrait, dans de nombreuses circonstances, favoriser les augmentations. Puisque les yeux ne se fossilisent pas bien, nous ne savons pas si le développement que l’œil a suivi exactement ce chemin, mais nous ne pouvons certainement pas prétendre qu’aucun chemin n’existe.
La preuve d'une étape dans l'évolution de l'œil vertébré provient de l'anatomie comparée et de la génétique4). Les gènes de cristallines β et γ de vertébré, qui codent pour plusieurs protéines cruciales pour le cristallin, sont très similaires au gène de Cionidae . Cionidae est un urochordé, un parent éloigné des vertébrés. Le gène unique de la βγ-cristalline de Ciona est exprimé dans son otolithe, une cellule soeur pigmentée de l'ocelle sensible à la lumière. L’origine de la lentille semble reposer sur la cooptation d’éléments existants dans un système sans lentille.
Les scientifiques Nilsson et Pelger 5) ont calculé que si chaque étape représentait un changement de 1%, l'évolution de l'œil nécessiterait 1 829 étapes, ce qui pourrait se produire en 364 000 générations.