1. L'explosion cambrienne ne montre pas tous les groupes apparaissant ensemble, complètement formés. Certains groupes d'animaux (et aucun groupe de plantes, de champignons ou de microbes) apparaissent sur des millions d'années, et sous des formes très différentes, pour la plupart, des formes que l'on voit aujourd'hui.
2. Pendant le cambrien, il y a eu la première apparition de parties dures, telles que des coquilles et des dents, chez les animaux. L’absence de pièces facilement fossilisables avant cette date rend obligatoire le fait que les archives fossiles du Précambrien soient très incomplètes. L’ancienneté de l'ère précambrienne contribue également à la rareté des fossiles.
3. Les fossiles précambriens trouvés correspondent à un schéma de ramification et non à une soudaine origine cambrienne. Par exemple, les bactéries apparaissent bien avant les organismes multicellulaires et il existe des fossiles montrant des transitions conduisant à des Halkieria et des arthropodes.
4. Des preuves génétiques montrent également un schéma de ramification dans le précambrien, indiquant par exemple que les plantes ont divergé d'un ancêtre commun avant que les champignons ont divergé des animaux.