1. Aucune théorie scientifique n’explique tout et l’évolution ne prétend pas être différente. Les théories scientifiques sont des cadres explicatifs, qui expliquent des phénomènes globaux : ce sont des généralisations.
L’évolution ne s’applique pas dans certains domaines, comme la cosmologie ou la physique. En biologie, la théorie de l’évolution est largement applicable et explique beaucoup de choses3), mais pas tout. Certaines explications nécessitent d’autres éléments. Certains n’ont pas encore été découverts. D’autres, dépassent nos capacités actuelles, que ce soit à les découvrir ou à les comprendre.
Les lignées évolutives, par exemple, sont fortement dépendantes des fossiles retrouvés ou non. L’origine d’un animal peut être tout à fait inexpliqué, tant que le « bon fossile » n’aura pas été découvert. On considère en science que chaque découverte amène une nouvelle question (pas parce que ça remet tout en question, mais parce qu’on entrevoie un cas particulier, une précision manquante). Il est idiot de condamner l’évolution, malgré sa solidité, en raison de sa non-omniscience.
2. certaines choses prétendument inexpliqués (la morale, par exemple), sont en fait expliqué par l’'évolution, du moins dans leurs grandes lignes. Parfois, les personnes qui font cette demande n’ont tout simplement pas fait leurs devoirs.