1. On sait depuis longtemps que certains ADN non codants ont des fonctions importantes. (Cela était connu avant même que l'expression “ADN poubelle” ne soit inventée.) Cependant, il existe de bonnes preuves qu'un grand nombre d'ADN n'a aucune fonction:
2. Des sections de l'ADN peuvent être découpées ou remplacées par des séquences randomisées sans effet apparent sur l'organisme 2).
3. Certaines sections de l'ADN sont des copies corrompues de l'ADN codant fonctionnel : des mutations, telles que des codons d'arrêt en début de séquence, montrent qu'elles ne peuvent pas avoir conservé la même fonction que la copie codante.
4. Le génome du poisson fugu est environ le tiers de celui de ses proches parents.
5. Les mutations dans les régions fonctionnelles de l'ADN montrent des signes de sélection - des changements non-silencieux se produisent moins souvent qu'on pourrait le penser par hasard. Dans d'autres sections de l'ADN, rien n'indique que des modifications soient sélectionnées.