1. Une complexité irréductible (IC) peut évoluer. Elle est défini comme un système qui perd sa fonction si une partie est supprimée, ce qui indique uniquement que le système n'a pas évolué en ajoutant des parties uniques sans changement de fonction. Cela laisse encore plusieurs mécanismes évolutifs:
Tous ces mécanismes ont été observés dans les mutations génétiques. En particulier, les délétions et les duplications géniques sont assez courantes 4) 5) 6) et, ensemble, elles rendent des systèmes complexes non seulement possible mais attendue. En fait, il a été prédit par le généticien Hermann Muller, lauréat d'un prix Nobel, il y a près d'un siècle 7). Muller l'a qualifié de complexité imbriquée 8) et l'évolution d'un système “irréductible” d'un système récepteur-hormone a été élucidée 9). L'irréductibilité n'est pas un obstacle à leur formation.
2. Les expériences en laboratoires prouvent la possibilité des mécanismes précédents pour créer des systèmes complexité irréductible : Dans l'expérience de Lenski10) 11), une des 12 colonies de bactérie E. Coli a acquis la capacité d’absorber le citrate, grâce à 2 mutations, séparées par 13000 générations.
3. Même si une complexité irréductible pourrait être effectivement interdite par l'évolution darwinienne, cela ne prouve pas pour autant une conception extérieure. D'autres processus pourraient l'avoir produits (rappelons que l’évolution ne se base pas uniquement sur la sélection naturelle). La complexité irréductible est un exemple d'argument d'incrédulité.
4.La complexité irréductible est mal définie. Il est défini en termes de parties, mais ce qu’est une “partie” est loin d’être évident. Logiquement, les parties doivent être des atomes individuels, car elles constituent le niveau d'organisation qui ne se subdivise pas davantage en biochimie, et elles constituent le plus petit niveau pris en compte par les biochimistes dans leur analyse.
Michael Behe, le grand promoteur de cette affirmation, a cependant considéré les ensembles de molécules comme des pièces individuelles et il n'a donné aucune justification pour cela.
Comme exemple simple du problème que pose les parties, prenons une jambe : une jambe sert à marcher et si on en retire une partie, elle ne fonctionnera plus. C'est donc un système IC. Mais une jambe peut évoluer d'une patte, qui peut évoluer depuis une nageoire osseuse plus simple, etc… L’erreur des créationnistes est de regarder le résultat final, et de suggérer qu'il serait apparu d'un coup, tel quel. C'est exactement le contraire du fonctionnement de l'évolution.
5. Les systèmes considérés comme irréductiblement complexes pourraient ne pas l'être. Par exemple:
6. Même si ça n'est pas une réponse à la question initiale, précisons que Behe ment carrément13) 14) dans ce livre, en affirmant qu'il n’existe pas15) de littérature scientifique sur l'évolution de tels système, ce qui, même en étant très tolérant, est difficile à mettre sur le compte de l'erreur, de la part d'un biochimiste.
D'ailleurs, dans le même livre16), Behe reconnait que la biologie évolutionniste a eu “beaucoup de succès pour expliquer les schémas de vie que nous voyons autour de nous” et n'avait aucun problème avec la notion d'ascendance commune. Il déclare très clairement que l'évolution peut produire de nouvelles espèces, et que les êtres humains font partie de ces espèces. 17)