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| Nous pouvons résumer ces quatre possibilités de la manière suivante: | Nous pouvons résumer ces quatre possibilités de la manière suivante: |
| | *Auparavant, utilisez plus de pièces que nécessaire pour la fonction. |
| 1. Auparavant, utilisez plus de pièces que nécessaire pour la fonction. | *Les parties elles-mêmes évoluent. |
| 2. Les parties elles-mêmes évoluent. | *Le déploiement des pièces (régulation des gènes) évolue. |
| 3. Le déploiement des pièces (régulation des gènes) évolue. | *De nouvelles pièces sont créées (duplication de gènes) et peuvent ensuite évoluer. |
| 4. De nouvelles pièces sont créées (duplication de gènes) et peuvent ensuite évoluer. | |
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| La première de ces possibilités n'apparaît que si nous recherchons l'IC. Les autres sont les formes majeures d'évolution moléculaire observées par les biologistes, formulées en termes de parties. Ils peuvent conduire à de nouvelles fonctions protéiques, parfois lentement et parfois, surtout lorsque les parties sont redéployées, de manière abrupte. La duplication génique et les changements dans le déploiement de la protéine peuvent introduire une nouvelle "partie" de la protéine dans un système. Ensuite, les parties peuvent co-évoluer pour faire quelque chose de mieux, mais de manière codépendante, de sorte que toutes soient nécessaires, sans autre changement du nombre de parties. Mais que se passe-t-il dans la nature? | La première de ces possibilités n'apparaît que si nous recherchons l'IC. Les autres sont les formes majeures d'évolution moléculaire observées par les biologistes, formulées en termes de parties. Ils peuvent conduire à de nouvelles fonctions protéiques, parfois lentement et parfois, surtout lorsque les parties sont redéployées, de manière abrupte. La duplication génique et les changements dans le déploiement de la protéine peuvent introduire une nouvelle "partie" de la protéine dans un système. Ensuite, les parties peuvent co-évoluer pour faire quelque chose de mieux, mais de manière codépendante, de sorte que toutes soient nécessaires, sans autre changement du nombre de parties. Mais que se passe-t-il dans la nature? |
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| //Dionaea muscipula// est une petite plante à fleurs qui pousse naturellement dans les zones humides acides de Caroline du Nord et du Sud. Elle a un piège à l'aspect féroce avec des bords garnies de dents pour les créatures imprudentes(http://www.honda-e.com/Photo/Ph4_70.htm). elle piège et digère les insectes pour compenser le manque d'azote dans les sols de son habitat. | //Dionaea muscipula// est une petite plante à fleurs qui pousse naturellement dans les zones humides acides de Caroline du Nord et du Sud. Elle a un piège à l'aspect féroce avec des bords garnies de dents pour les [[http://www.honda-e.com/Photo/Ph4_70.htm|créatures imprudentes]]. elle piège et digère les insectes pour compenser le manque d'azote dans les sols de son habitat. |
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| Voici comment fonctionne le piège. Lorsqu'un insecte frotte les poils « la gâchette » au centre, les lobes se referment presque complètement à une vitesse surprenante. Si un petit insecte est attrapé, il peut s'échapper entre les dents et le piège se rouvre sans s’être fermé complètement. Si une bestiole de bonne taille est détectée, elle est digérée au cours des prochains jours, tandis que le piège se referme pendant ce temps. Puis le piège se rouvre. Un piège ne peut être complètement fermé que 4 fois environ, il doit donc être utilisé avec parcimonie. | Voici comment fonctionne le piège. Lorsqu'un insecte frotte les poils « la gâchette » au centre, les lobes se referment presque complètement à une vitesse surprenante. Si un petit insecte est attrapé, il peut s'échapper entre les dents et le piège se rouvre sans s’être fermé complètement. Si une bestiole de bonne taille est détectée, elle est digérée au cours des prochains jours, tandis que le piège se referme pendant ce temps. Puis le piège se rouvre. Un piège ne peut être complètement fermé que 4 fois environ, il doit donc être utilisé avec parcimonie. |
| ==== Hémoglobine pour la vie active ==== | ==== Hémoglobine pour la vie active ==== |
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| L'hémoglobine est une merveilleuse protéine qui capte l'oxygène dans nos poumons et le transmet au reste de nos cellules. L'oxygène se lie très rapidement à l'hémoglobine dans nos poumons et reste lié. Ensuite, dans nos tissus, l'oxygène est libéré très rapidement. Comment cela peut-il arriver? Ce que nous appelons une molécule d'hémoglobine est un complexe de quatre chaînes ou sous-unités d'hémoglobine. Il existe deux chaînes distinctes appelées alpha et bêta-hémoglobine. Le complexe se lie de manière réversible à l'oxygène, une molécule d'O2 pour chaque sous-unité. Il a tendance à ne pas se lier au premier oxygène tant que la concentration en oxygène n'est pas assez élevée, ce qui est la situation habituelle dans nos poumons. Ensuite, le complexe change de forme pour que l'O2 suivant se lie plus facilement, le troisième encore plus rapidement et le quatrième encore plus rapidement. Ensuite, il retient l'oxygène jusqu'à ce que la concentration en oxygène environnante soit assez faible, ce qui se produit dans nos tissus. Quand finalement un oxygène est libéré, le suivant est libéré plus rapidement et ainsi de suite. Ce mécanisme de transport de l'oxygène est beaucoup plus efficace que celui que l'on peut obtenir avec l'hémoglobine alpha ou bêta seule et permet notre mode de vie actif. Il faut les quatre parties pour le faire; enlever une partie du complexe et cela ne fonctionne pas ((Ackers GK, Doyle ML, Myers D, Daugherty MA. (1992). Molecular Code for Cooperativity in Hemoglobin. Science 255:54-63. )). Nous avons donc un autre système IC. Behe discute brièvement de l'hémoglobine (pp 206-207), en expliquant principalement que cela plaide mal en faveur du design. Il ne mentionne pas que c'est IC. Un article de talk.origins ((Hines W. (2002). http://groups.google.com/groups?as_umsgid=3C49D9E6.760D509E%40rcn.com&hl=en|Hemoglobin and Irreducible Complexity. Talk.origins post. )) contient des commentaires pointus sur le sujet. | L'hémoglobine est une merveilleuse protéine qui capte l'oxygène dans nos poumons et le transmet au reste de nos cellules. L'oxygène se lie très rapidement à l'hémoglobine dans nos poumons et reste lié. Ensuite, dans nos tissus, l'oxygène est libéré très rapidement. Comment cela peut-il arriver? Ce que nous appelons une molécule d'hémoglobine est un complexe de quatre chaînes ou sous-unités d'hémoglobine. Il existe deux chaînes distinctes appelées alpha et bêta-hémoglobine. Le complexe se lie de manière réversible à l'oxygène, une molécule d'O2 pour chaque sous-unité. Il a tendance à ne pas se lier au premier oxygène tant que la concentration en oxygène n'est pas assez élevée, ce qui est la situation habituelle dans nos poumons. Ensuite, le complexe change de forme pour que l'O2 suivant se lie plus facilement, le troisième encore plus rapidement et le quatrième encore plus rapidement. Ensuite, il retient l'oxygène jusqu'à ce que la concentration en oxygène environnante soit assez faible, ce qui se produit dans nos tissus. Quand finalement un oxygène est libéré, le suivant est libéré plus rapidement et ainsi de suite. Ce mécanisme de transport de l'oxygène est beaucoup plus efficace que celui que l'on peut obtenir avec l'hémoglobine alpha ou bêta seule et permet notre mode de vie actif. Il faut les quatre parties pour le faire; enlever une partie du complexe et cela ne fonctionne pas ((Ackers GK, Doyle ML, Myers D, Daugherty MA. (1992). Molecular Code for Cooperativity in Hemoglobin. Science 255:54-63. )). Nous avons donc un autre système IC. Behe discute brièvement de l'hémoglobine (pp 206-207), en expliquant principalement que cela plaide mal en faveur du design. Il ne mentionne pas que c'est IC. Un article de talk.origins ((Hines W. (2002). [[http://groups.google.com/groups?as_umsgid=3C49D9E6.760D509E%40rcn.com&hl=en|Hemoglobin and Irreducible Complexity]]. Talk.origins post.)) contient des commentaires pointus sur le sujet. |
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| Les hémoglobines (protéines globulaires incorporant un groupe héminique, qui renferme à son tour un atome de fer) se révèlent être une famille de protéines répandue ayant une longue histoire. Ils surviennent dans les plantes et les bactéries ainsi que chez les animaux et remplissent diverses fonctions, notamment le transport de l'oxygène, le stockage de l'oxygène, le piégeage de l'oxygène pour l’en protéger de certains processus métaboliques et le transfert d'électrons. Fait intéressant, ces diverses fonctions dépendent essentiellement du moment et du lieu où la protéine est déployée. Commentant ceci dans son article "L'évolution de l'hémoglobine", Ross Hardison déclare: "Cela suggère que la création de nouvelles fonctions protéiques découle autant des changements de régulation que des changements de structure." ((Hardison R. (1999). The Evolution of Hemoglobin. American Scientist 87(2) 126-137. - (1998). Hemoglobin from bacteria to man: Evolution of different patterns of gene expression. Journal of Experimental Biology 201:1099-1117. p. 126)). L'hémoglobine fœtale, qui doit extraire l'oxygène de l'hémoglobine de la mère, en est un bon exemple. Nous avons toujours les gènes pour cela, mais ne le faisons qu'au bon moment. La duplication de gènes a également joué un rôle clé. La lamproie et la myxine, qui n'ont pas de mâchoire, n'ont pas non plus les variétés alpha et bêta de l'hémoglobine. Au lieu de cela, elles n'ont qu'une seule variété d'hémoglobine dans le sang et un transport d'oxygène moins efficace. La duplication des gènes qui a conduit, après d'autres modifications, à nos chaînes alpha et bêta distinctes, s'est évidemment produite chez l'ancêtre de tous les vertébrés vivants à mâchoires. | Les hémoglobines (protéines globulaires incorporant un groupe héminique, qui renferme à son tour un atome de fer) se révèlent être une famille de protéines répandue ayant une longue histoire. Ils surviennent dans les plantes et les bactéries ainsi que chez les animaux et remplissent diverses fonctions, notamment le transport de l'oxygène, le stockage de l'oxygène, le piégeage de l'oxygène pour l’en protéger de certains processus métaboliques et le transfert d'électrons. Fait intéressant, ces diverses fonctions dépendent essentiellement du moment et du lieu où la protéine est déployée. Commentant ceci dans son article "L'évolution de l'hémoglobine", Ross Hardison déclare: "Cela suggère que la création de nouvelles fonctions protéiques découle autant des changements de régulation que des changements de structure." ((Hardison R. (1999). The Evolution of Hemoglobin. American Scientist 87(2) 126-137. - (1998). Hemoglobin from bacteria to man: Evolution of different patterns of gene expression. Journal of Experimental Biology 201:1099-1117. p. 126)). L'hémoglobine fœtale, qui doit extraire l'oxygène de l'hémoglobine de la mère, en est un bon exemple. Nous avons toujours les gènes pour cela, mais ne le faisons qu'au bon moment. La duplication de gènes a également joué un rôle clé. La lamproie et la myxine, qui n'ont pas de mâchoire, n'ont pas non plus les variétés alpha et bêta de l'hémoglobine. Au lieu de cela, elles n'ont qu'une seule variété d'hémoglobine dans le sang et un transport d'oxygène moins efficace. La duplication des gènes qui a conduit, après d'autres modifications, à nos chaînes alpha et bêta distinctes, s'est évidemment produite chez l'ancêtre de tous les vertébrés vivants à mâchoires. |
| ==== Le système de coagulation du sang: est-il IC? ==== | ==== Le système de coagulation du sang: est-il IC? ==== |
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| La coagulation sanguine est un exemple de ce que les biochimistes appellent une cascade: une protéine fait quelque chose, une autre commence à faire une chose, une autre ... Les cascades, et en particulier la cascade de la coagulation, sont parmi les exemples préférés des promoteurs du DI. Cependant, donner une spécification précise du système, des pièces et de la fonction pour que le système spécifié soit IC s'avère difficile. Difficile à préciser ou non, il reste l'un des exemples préférés de Behe. Il y consacre tout son quatrième chapitre. Après avoir expliqué comment cela fonctionne, il indique que les scientifiques ne savent presque rien de son évolution. Sa principale preuve est une conférence non technique donnée par Russell Doolittle. Mais bien sûr, ce discours, utilisant des analogies avec le Yin et le Yang, n’était pas censé donner une compréhension technique. Après que plusieurs personnes se soient exprimées à ce sujet, Behe a répondu par un essai en ligne "Pour la défense de l'irréductibilité de la cascade de la coagulation" ((Behe M. (2000). http://www.arn.org/docs/behe/mb_indefenseofbloodclottingcascade.htm|In Defense of the Irreducibility of the Blood Clotting Cascade: Response to http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/doolittle.html|Russell Doolittle, Ken Miller and http://www.talkorigins.org/faqs/behe/review.html|Keith Robison . L'article de Doolittle est l'une des nombreuses réponses à la [[http://bostonreview.mit.edu/br21.6/orr.html|revue par Orr]] de //Darwin’s Black Box//, publiée dans le numéro de décembre 1996 / janvier 1997 de Boston Review. Les réponses, y compris celles de Behe, ont été publiées dans le numéro de février / mars 1997 de Boston Review et [[http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/|sont en ligne ici]],)). Sa défense revient à dire que l'évolution de ce système nécessiterait un trop grand nombre d'étapes «non sélectionnées». Mais ce n'est pas vrai, comme Ken Miller l'a souligné dans //Finding Darwin's God// ((Miller K. Finding Darwin's God: A Scientist's Search for Common Ground Between God and Evolution - Cliff Street Books, 1999. )) et dans son article en ligne ((Miller K. (2000). The Evolution of Vertebrate Blood Clotting)), (Traduction française [[ICI]], NdT). )) dans lesquels il donne plus de détails que l'éditeur ne voulait dans le livre. | La coagulation sanguine est un exemple de ce que les biochimistes appellent une cascade: une protéine fait quelque chose, une autre commence à faire une chose, une autre ... Les cascades, et en particulier la cascade de la coagulation, sont parmi les exemples préférés des promoteurs du DI. Cependant, donner une spécification précise du système, des pièces et de la fonction pour que le système spécifié soit IC s'avère difficile. Difficile à préciser ou non, il reste l'un des exemples préférés de Behe. Il y consacre tout son quatrième chapitre. Après avoir expliqué comment cela fonctionne, il indique que les scientifiques ne savent presque rien de son évolution. Sa principale preuve est une conférence non technique donnée par Russell Doolittle. Mais bien sûr, ce discours, utilisant des analogies avec le Yin et le Yang, n’était pas censé donner une compréhension technique. Après que plusieurs personnes se soient exprimées à ce sujet, Behe a répondu par un essai en ligne "Pour la défense de l'irréductibilité de la cascade de la coagulation" ((Behe M. (2000). [[http://www.arn.org/docs/behe/mb_indefenseofbloodclottingcascade.htm|In Defense of the Irreducibility of the Blood Clotting Cascade]]: Response to [[http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/doolittle.html|Russell Doolittle]], Ken Miller and [[http://www.talkorigins.org/faqs/behe/review.html|Keith Robison]]. L'article de Doolittle est l'une des nombreuses réponses à la [[http://bostonreview.mit.edu/br21.6/orr.html|revue par Orr]] de //Darwin’s Black Box//, publiée dans le numéro de décembre 1996 / janvier 1997 de Boston Review. Les réponses, y compris celles de Behe, ont été publiées dans le numéro de février / mars 1997 de Boston Review et [[http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/|sont en ligne ici]])). Sa défense revient à dire que l'évolution de ce système nécessiterait un trop grand nombre d'étapes «non sélectionnées». Mais ce n'est pas vrai, comme Ken Miller l'a souligné dans //Finding Darwin's God// ((Miller K. Finding Darwin's God: A Scientist's Search for Common Ground Between God and Evolution - Cliff Street Books, 1999.)) et dans son article en ligne ((Miller K. (2000). The Evolution of Vertebrate Blood Clotting, ([[evolution_de_la_coagulation_du_sang_des_vertebres|Traduction française ici]], NdT). )) dans lesquels il donne plus de détails que l'éditeur ne voulait dans le livre. |
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| La cascade de coagulation fait partie d'une famille de cascades au long pedigree. Notre système immunitaire comprend une cascade connexe que Behe considère comme étant IC, mais voir l'article de Matt Inlay [[http://www.talkdesign.org/faqs/Evolving_Immunity.html|"Evolving Immunity"]] ((Inlay M. (2002). Evolving Immunity: A Response to Chapter 6 of Darwin's Black Box. http://www.talkdesign.org/faqs/Evolving_Immunity.html|Talkdesign.org. )). Un article récent de Krem et Di Cera ((Krem MM, Di Cera E. (2002). Evolution of enzyme cascades from embryonic development to blood coagulation. Trends in Biochemical Sciences 27(2):67-74. )) poursuit l’évolution des cascades plus loin dans l’arbre de l’évolution. Ils discutent de cascades biochimiquement similaires chez les Limules , les drosophiles et nous-mêmes. Ils ont découvert que "de nombreuses similitudes suggèrent que ces cascades ont été construites en empilant des enzymes depuis le bas de la cascade et à partir de blocs de construction macromoléculaires similaires". Behe soutient que ce type d'évolution ne se produirait pas car il y aurait des étapes non sélectionnées. Mais il pense en termes de systèmes précurseurs avec des parties manquantes, pas en termes d'organismes ancêtres dans différents environnements avec différents problèmes à résoudre. Cela peut refléter une différence entre penser comme un chimiste et penser comme un biologiste. Les formes précoces de la cascade se sont produites chez des animaux sans système circulatoire à haute pression comme le nôtre. Par exemple, chez les limules, une forme plus simple de la cascade de la coagulation sert à emmêler les bactéries envahissantes. Il n'y a aucune raison de présumer que ces étapes seraient non sélectionnées (autres que la duplication de gènes, qui peut être neutre au début) si l'organisme, son mode de vie et son environnement étaient différents. | La cascade de coagulation fait partie d'une famille de cascades au long pedigree. Notre système immunitaire comprend une cascade connexe que Behe considère comme étant IC, mais voir l'article de Matt Inlay [[http://www.talkdesign.org/faqs/Evolving_Immunity.html|"Evolving Immunity"]] ((Inlay M. (2002). Evolving Immunity: A Response to Chapter 6 of Darwin's Black Box. [[http://www.talkdesign.org/faqs/Evolving_Immunity.html|Talkdesign.org]]. )). Un article récent de Krem et Di Cera ((Krem MM, Di Cera E. (2002). Evolution of enzyme cascades from embryonic development to blood coagulation. Trends in Biochemical Sciences 27(2):67-74. )) poursuit l’évolution des cascades plus loin dans l’arbre de l’évolution. Ils discutent de cascades biochimiquement similaires chez les Limules , les drosophiles et nous-mêmes. Ils ont découvert que "de nombreuses similitudes suggèrent que ces cascades ont été construites en empilant des enzymes depuis le bas de la cascade et à partir de blocs de construction macromoléculaires similaires". Behe soutient que ce type d'évolution ne se produirait pas car il y aurait des étapes non sélectionnées. Mais il pense en termes de systèmes précurseurs avec des parties manquantes, pas en termes d'organismes ancêtres dans différents environnements avec différents problèmes à résoudre. Cela peut refléter une différence entre penser comme un chimiste et penser comme un biologiste. Les formes précoces de la cascade se sont produites chez des animaux sans système circulatoire à haute pression comme le nôtre. Par exemple, chez les limules, une forme plus simple de la cascade de la coagulation sert à emmêler les bactéries envahissantes. Il n'y a aucune raison de présumer que ces étapes seraient non sélectionnées (autres que la duplication de gènes, qui peut être neutre au début) si l'organisme, son mode de vie et son environnement étaient différents. |
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| Mais avez-vous remarqué quelque chose qui manque dans notre discussion sur la cascade de la coagulation? Nous n'avons pas prouvé que c'était IC. Comme nous le dit Behe à la page 42, la manière de procéder consiste à prendre les parties une par une et à montrer que chacune d’elles est nécessaire à la coagulation. Ou pointez la recherche publiée qui fait cela. Behe a sûrement pris soin de ce détail dans le quatrième chapitre de son livre? Non, il l'a "prouvé" de manière rhétorique, mais pas systématique. Plusieurs années plus tard, alors qu’il publiait une page Web intitulée "Pour la défense de l’irréductibilité de la cascade de la coagulation sanguine" (9), il devait en préciser les détails. Pas encore. Il a avancé son argument contre l'évolutivité de la cascade de la coagulation, mais la réponse a été donnée ((10)) ((11)) ((13)) ((Acton G. (1997). http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade. Talk Origins Post of the Month: February 1997. ))). Pendant ce temps, le petit détail de prouver ce qu’est l'IC a été négligé. Et il existe des preuves du contraire: les baleines, des mammifères comme nous, n’ont pas de composant clé appelé facteur Hageman mais leur sang coagule quand même ((Semba U, Shibuya Y, Okabe H, Yamamoto T. (1998). Whale Hageman Factor (Factor XII); Prevented Production Due to Pseudogene Conversion. Thrombosis Research 90(1):31-37 )). Interrogé lors d'une réunion récente ((http://www.ncseweb.org/resources/articles/7819_part_07_dr_michael_behe_dr_10_31_2002.asp|Miller questions Behe at the Question and Answer session at the American Museum of Natural History meeting, April 23, 2002. )), Behe a finalement convenu que la cascade n'était pas IC après tout. En fait, Acton donne des raisons pour lesquelles il n'aurait jamais dû le penser (((Acton G. (1997). http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade. Talk Origins Post of the Month: February 1997. ))). (Pour autant que je sache, Behe n'a "fait ses devoirs" sur aucun de ses exemples, à l'exception de la souricière). | Mais avez-vous remarqué quelque chose qui manque dans notre discussion sur la cascade de la coagulation? Nous n'avons pas prouvé que c'était IC. Comme nous le dit Behe à la page 42, la manière de procéder consiste à prendre les parties une par une et à montrer que chacune d’elles est nécessaire à la coagulation. Ou pointez la recherche publiée qui fait cela. Behe a sûrement pris soin de ce détail dans le quatrième chapitre de son livre? Non, il l'a "prouvé" de manière rhétorique, mais pas systématique. Plusieurs années plus tard, alors qu’il publiait une page Web intitulée //"Pour la défense de l’irréductibilité de la cascade de la coagulation sanguine"//((Behe M. (2000). [[http://www.arn.org/docs/behe/mb_indefenseofbloodclottingcascade.htm|In Defense of the Irreducibility of the Blood Clotting Cascade]]: Response to [[http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/doolittle.html|Russell Doolittle]], Ken Miller and [[http://www.talkorigins.org/faqs/behe/review.html|Keith Robison]]. L'article de Doolittle est l'une des nombreuses réponses à la [[http://bostonreview.mit.edu/br21.6/orr.html|revue par Orr]] de //Darwin’s Black Box//, publiée dans le numéro de décembre 1996 / janvier 1997 de Boston Review. Les réponses, y compris celles de Behe, ont été publiées dans le numéro de février / mars 1997 de Boston Review et [[http://bostonreview.mit.edu/BR22.1/|sont en ligne ici]])), il devait en préciser les détails. Pas encore. Il a avancé son argument contre l'évolutivité de la cascade de la coagulation, mais la réponse a été donnée ((Miller K. Finding Darwin's God: A Scientist's Search for Common Ground Between God and Evolution - Cliff Street Books, 1999.)) ((Miller K. (2000). The Evolution of Vertebrate Blood Clotting, ([[evolution_de_la_coagulation_du_sang_des_vertebres|Traduction française ici]], NdT). )) ((Krem MM, Di Cera E. (2002). Evolution of enzyme cascades from embryonic development to blood coagulation. Trends in Biochemical Sciences 27(2):67-74. )) ((Acton G. (1997). [[http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade]]. Talk Origins Post of the Month: February 1997.)). Pendant ce temps, le petit détail de prouver ce qu’est l'IC a été négligé. Et il existe des preuves du contraire: les baleines, des mammifères comme nous, n’ont pas de composant clé appelé facteur Hageman mais leur sang coagule quand même ((Semba U, Shibuya Y, Okabe H, Yamamoto T. (1998). Whale Hageman Factor (Factor XII); Prevented Production Due to Pseudogene Conversion. Thrombosis Research 90(1):31-37 )). Interrogé lors d'une réunion récente (([[http://www.ncseweb.org/resources/articles/7819_part_07_dr_michael_behe_dr_10_31_2002.asp|Miller questions Behe at the Question and Answer session at the American Museum of Natural History meeting]], April 23, 2002. )), Behe a finalement convenu que la cascade n'était pas IC après tout. En fait, Acton donne des raisons pour lesquelles il n'aurait jamais dû le penser (((Acton G. (1997). [[http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade]]. Talk Origins Post of the Month: February 1997. ))). (Pour autant que je sache, Behe n'a "fait ses devoirs" sur aucun de ses exemples, à l'exception de la souricière). |
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| ===== Systèmes natatoires ===== | ===== Systèmes natatoires ===== |
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| Nous en arrivons maintenant à ce qui est devenu le plus important exemple supposé de IC dans la nature: les systèmes natatoires. Ce sont des saillies flexibles que les microbes utilisent pour se déplacer dans les fluides. Les trois principaux types de microbes, à savoir les bactéries, les archées et les eucaryotes unicellulaires, utilisent des structures de déplacement différentes et il existe des différences majeures entre les espèces de chaque type. Certaines bactéries parviennent même à nager sans flagelles, notamment //Synechococcus// ((Samuel AD, Petersen JD, Reese TS. (2001). Envelope structure of Synechococcus sp.WH8113, a nonflagellated swimming cyanobacterium. BMC Microbiol 1(1):4, online http://www.biomedcentral.com/1471-2180/1/4|here. )) et bien moins bien compris, Spiroplasma melliferum (( Trachtenberg S, Gilad R, Geffen N. (2003). The bacterial linear motor of Spiroplasma melliferum BC3: from single molecules to swimming cells. Molecular Microbiology 47(3):671-697.)). Bien sûr, le mouvement microbien ne se limite pas à la nage. Ils ont également des moyens de se déplacer le long des surfaces et de manœuvrer dans le sable et la vase. Bardy et al. ont passé en revue presque toutes les méthodes connues de déplacement des bactéries et des archées ((Bardy SL, Ng SYM, Jarrell KF. (2003). Prokaryotic motility structures. Microbiology 149:295-304. )). | Nous en arrivons maintenant à ce qui est devenu le plus important exemple supposé de IC dans la nature: les systèmes natatoires. Ce sont des saillies flexibles que les microbes utilisent pour se déplacer dans les fluides. Les trois principaux types de microbes, à savoir les bactéries, les archées et les eucaryotes unicellulaires, utilisent des structures de déplacement différentes et il existe des différences majeures entre les espèces de chaque type. Certaines bactéries parviennent même à nager sans flagelles, notamment //Synechococcus// ((Samuel AD, Petersen JD, Reese TS. (2001). Envelope structure of Synechococcus sp.WH8113, a nonflagellated swimming cyanobacterium. BMC Microbiol 1(1):4, en ligne [[http://www.biomedcentral.com/1471-2180/1/4|ici]]. )) et bien moins bien compris, Spiroplasma melliferum ((Trachtenberg S, Gilad R, Geffen N. (2003). The bacterial linear motor of Spiroplasma melliferum BC3: from single molecules to swimming cells. Molecular Microbiology 47(3):671-697.)). Bien sûr, le mouvement microbien ne se limite pas à la nage. Ils ont également des moyens de se déplacer le long des surfaces et de manœuvrer dans le sable et la vase. Bardy et al. ont passé en revue presque toutes les méthodes connues de déplacement des bactéries et des archées ((Bardy SL, Ng SYM, Jarrell KF. (2003). Prokaryotic motility structures. Microbiology 149:295-304. )). |
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| Les systèmes de natation dépendent de ce qu'on appelle les moteurs moléculaires, un sujet de prédilection des biologistes moléculaires. Ceux qui sont curieux des moteurs moléculaires peuvent commencer ici ((http://mcb.berkeley.edu/courses/mcb290/|Molecular motors: References for a course on molecular motors at Berkeley. )). Les cliquets brownien , fascinants en eux-mêmes ((http://www.eleceng.adelaide.edu.au/Personal/gpharmer/games/|Brownian ratchets)), sont l’une des sources d’énergie de ces minuscules moteurs. | Les systèmes de natation dépendent de ce qu'on appelle les moteurs moléculaires, un sujet de prédilection des biologistes moléculaires. Ceux qui sont curieux des moteurs moléculaires peuvent commencer ici (([[http://mcb.berkeley.edu/courses/mcb290/|Molecular motors]]: References for a course on molecular motors at Berkeley. )). Les cliquets brownien , fascinants en eux-mêmes (([[http://www.eleceng.adelaide.edu.au/Personal/gpharmer/games/|Brownian ratchets]])), sont l’une des sources d’énergie de ces minuscules moteurs. |
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| D'un point de vue biologique, la fonction d'un organisme est de vivre et de grandir suffisamment pour se reproduire. La fonction de n'importe quelle partie de l'organisme est d'y contribuer de quelque manière que ce soit. Les appendices peuvent aider une cellule de différentes manières, telles que la détection de l'environnement, la recherche d'aliments ou de partenaires ou la communication avec d'autres cellules. Cela aide si l'appendice peut bouger. Cela déplacera un peu la cellule. (Pensez à agiter votre bras sous l'eau). Dans un environnement où la natation est avantageuse, il n’est pas surprenant que la capacité à nager évolue. Néanmoins, à mesure que l'évolution des systèmes de vertébrés tels que la cascade de la coagulation et le système immunitaire est mieux comprise, les partisans de l’ID s'appuient de plus en plus sur les systèmes de nage, en particulier le flagellum bactérien, en tant que véritable preuve de la conception. | D'un point de vue biologique, la fonction d'un organisme est de vivre et de grandir suffisamment pour se reproduire. La fonction de n'importe quelle partie de l'organisme est d'y contribuer de quelque manière que ce soit. Les appendices peuvent aider une cellule de différentes manières, telles que la détection de l'environnement, la recherche d'aliments ou de partenaires ou la communication avec d'autres cellules. Cela aide si l'appendice peut bouger. Cela déplacera un peu la cellule. (Pensez à agiter votre bras sous l'eau). Dans un environnement où la natation est avantageuse, il n’est pas surprenant que la capacité à nager évolue. Néanmoins, à mesure que l'évolution des systèmes de vertébrés tels que la cascade de la coagulation et le système immunitaire est mieux comprise, les partisans de l’ID s'appuient de plus en plus sur les systèmes de nage, en particulier le flagellum bactérien, en tant que véritable preuve de la conception. |
| Ainsi, selon Behe, un proto-cil serait inutile et probablement même un gaspillage préjudiciable de ressources jusqu'à ce qu'il soit perfectionné. | Ainsi, selon Behe, un proto-cil serait inutile et probablement même un gaspillage préjudiciable de ressources jusqu'à ce qu'il soit perfectionné. |
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| Les microbes ne sont pas d’accord et utilisent diverses projections présentant les «défauts» mentionnés par Behe. L’amibe //Raphidiophrys pallida//, présentée ici ((http://megasun.bch.umontreal.ca/protists/raphp/appearance.html|Raphidiophrys pallida. Notez les axopodes dans la deuxième micrographie. )), a des saillies appelées axopodes qu’elle utilise pour capturer ses proies et se déplacer le long d’une surface telle qu’un peu d’herbe. Les protozoaires Actinophrys de cette vidéo de Pond Scum Action((http://www.microscopyu.com/moviegallery/pondscum/protozoa/actinophrys/index.html|Pond Scum Action Video. An Actinophrys explores its world with gently waving axopodia. )) explore les axopodes légèrement ondulants. Les foraminifères sont des protistes très répandus dans les océans et dans les fonds marins. Ils utilisent des projections appelées réticulopodes pour trouver et capturer de la nourriture, et pour manœuvrer parmi les grains de sable ((http://www.ucmp.berkeley.edu/foram/foramlh.html|Foraminifera)). Ces saillies, bien que dépendantes d’un grand nombre des mêmes protéines pour le mouvement, ne sont pas des cils. Mais ils ressemblent aux cils maladroits auxquels Behe s'oppose et montrent que ses objections ne tiennent pas dans la nature. | Les microbes ne sont pas d’accord et utilisent diverses projections présentant les «défauts» mentionnés par Behe. L’amibe //Raphidiophrys pallida//, présentée ici (([[http://megasun.bch.umontreal.ca/protists/raphp/appearance.html|Raphidiophrys pallida]]. Notez les axopodes dans la deuxième micrographie.)), a des saillies appelées axopodes qu’elle utilise pour capturer ses proies et se déplacer le long d’une surface telle qu’un peu d’herbe. Les protozoaires Actinophrys de cette vidéo de Pond Scum Action(([[http://www.microscopyu.com/moviegallery/pondscum/protozoa/actinophrys/index.html|Pond Scum Action Video]]. An Actinophrys explores its world with gently waving axopodia. )) explore les axopodes légèrement ondulants. Les foraminifères sont des protistes très répandus dans les océans et dans les fonds marins. Ils utilisent des projections appelées réticulopodes pour trouver et capturer de la nourriture, et pour manœuvrer parmi les grains de sable (([[http://www.ucmp.berkeley.edu/foram/foramlh.html|Foraminifera]])). Ces saillies, bien que dépendantes d’un grand nombre des mêmes protéines pour le mouvement, ne sont pas des cils. Mais ils ressemblent aux cils maladroits auxquels Behe s'oppose et montrent que ses objections ne tiennent pas dans la nature. |
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| Maintenant, qu'en est-il des cils au sens strict? Le cil dans sa forme initiale aurait été trop court pour fonctionner comme un appareil à ramer. Qu'est-ce que cela aurait pu faire? Les premiers flagellés ont disparu depuis longtemps, mais nous pouvons toujours apprendre de ceux qui se trouvent à la base de l'arbre généalogique tel qu'il existe maintenant. Le flagellé du sol, //Phalansterium//, est à peu près aussi banal que n'importe quel autre. Il est difficile de le voir en action, mais il utilise probablement son cil pour détecter l’environnement et pour collecter des bactéries pour se nourrir. L'arbre eucaryote a deux branches principales, conduisant aux plantes et aux animaux. À la base de ces branches, on trouve des flagellés vivant dans l’eau et qui poussent l’eau dans des directions opposées ((Cavalier-Smith T. (2002). The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52:297-354. ), ((Stechmann A and Cavalier-Smith T. (2002). Rooting the Eukaryote Tree by Using a Derived Gene Fusion. Science 297:89-91. )). //Mastigamoeba// rampe le long des surfaces et déplace son cil pour créer un léger courant vers lui, aspirant les particules de nourriture. Les choanoflagellés, sur la ligne qui mène aux animaux, utilisent leur cil pour repousser l'eau ((Leadbeater B and Kelly M. (2001). http://www.niwa.co.nz/pubs/wa/09-2/evolution.htm|Evolution of animals - choanoflagellates and sponges. NIWA Water & Atmosphere 9(2) Web article. )). Cela attire plus d’eau et de nourriture. | Maintenant, qu'en est-il des cils au sens strict? Le cil dans sa forme initiale aurait été trop court pour fonctionner comme un appareil à ramer. Qu'est-ce que cela aurait pu faire? Les premiers flagellés ont disparu depuis longtemps, mais nous pouvons toujours apprendre de ceux qui se trouvent à la base de l'arbre généalogique tel qu'il existe maintenant. Le flagellé du sol, //Phalansterium//, est à peu près aussi banal que n'importe quel autre. Il est difficile de le voir en action, mais il utilise probablement son cil pour détecter l’environnement et pour collecter des bactéries pour se nourrir. L'arbre eucaryote a deux branches principales, conduisant aux plantes et aux animaux. À la base de ces branches, on trouve des flagellés vivant dans l’eau et qui poussent l’eau dans des directions opposées ((Cavalier-Smith T. (2002). The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52:297-354. ), ((Stechmann A and Cavalier-Smith T. (2002). Rooting the Eukaryote Tree by Using a Derived Gene Fusion. Science 297:89-91. )). //Mastigamoeba// rampe le long des surfaces et déplace son cil pour créer un léger courant vers lui, aspirant les particules de nourriture. Les choanoflagellés, sur la ligne qui mène aux animaux, utilisent leur cil pour repousser l'eau ((Leadbeater B and Kelly M. (2001). [[http://www.niwa.co.nz/pubs/wa/09-2/evolution.htm|Evolution of animals - choanoflagellates and sponges]]. NIWA Water & Atmosphere 9(2) Web article. )). Cela attire plus d’eau et de nourriture. |
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| Toute projection qui pourrait remuer l’eau contribuerait à apporter plus de nourriture au microbe. L'améliorer progressivement conduit naturellement à un système de natation. Les objections de Behe ignorent le changement de fonction évolutif, qui se produirait naturellement pour un biologiste mais peut-être pas pour un chimiste comme lui. | Toute projection qui pourrait remuer l’eau contribuerait à apporter plus de nourriture au microbe. L'améliorer progressivement conduit naturellement à un système de natation. Les objections de Behe ignorent le changement de fonction évolutif, qui se produirait naturellement pour un biologiste mais peut-être pas pour un chimiste comme lui. |
| ==== Le flagelle archée ==== | ==== Le flagelle archée ==== |
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| Les archéobactéries ou archées, ont récemment été reconnues comme un groupe important de microbes distincts des bactéries et des eucaryotes. Leur flagelle est analogue à un flagelle bactérien, mais plus simple et assez différent en détail. Comme le montre ce http://info.queensu.ca/micr/faculty/jarrell/model.htm|diagramme, cela ressemble à un autre type de projection appelée pilus de type IV, à laquelle elle est probablement liée (19). Les pili de type IV eux-mêmes ne sont pas utilisés pour nager, mais les bactéries les utilisent pour des façons plus simples de bouger appelées motilité par glissement (gliding) et par contraction (twitching) ((19)), ((Thomas NA, Bardy SL, Jarrell KF. (2001). The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure. FEMS Microbiology Reviews 25:147-174.)) ((Wolgemuth W, Hoiczyk E, Kaiser D, Oster G. (2002). How Myxobacteria Glide. Current Biology 12:369–377. )). Behe n'a pas discuté des flagelles archées, et je ne sais pas comment il les diviserait en parties. Ils ne semblent pas correspondre à sa division en trois parties préférée (un moteur, puis un rotor ou un connecteur, puis une troisième partie qui repousse le support) sur laquelle il fonde sa déclaration selon laquelle "la complexité est inhérente à la tâche elle-même" ( page 65). | Les archéobactéries ou archées, ont récemment été reconnues comme un groupe important de microbes distincts des bactéries et des eucaryotes. Leur flagelle est analogue à un flagelle bactérien, mais plus simple et assez différent en détail. Comme le montre ce [[https://web.archive.org/web/20030604130028/info.queensu.ca/micr/faculty/jarrell/model.htm|diagramme]], cela ressemble à un autre type de projection appelée pilus de type IV, à laquelle elle est probablement liée (19). Les pili de type IV eux-mêmes ne sont pas utilisés pour nager, mais les bactéries les utilisent pour des façons plus simples de bouger appelées motilité par glissement (gliding) et par contraction (twitching) ((19)), ((Thomas NA, Bardy SL, Jarrell KF. (2001). The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure. FEMS Microbiology Reviews 25:147-174.)) ((Wolgemuth W, Hoiczyk E, Kaiser D, Oster G. (2002). How Myxobacteria Glide. Current Biology 12:369–377. )). Behe n'a pas discuté des flagelles archées, et je ne sais pas comment il les diviserait en parties. Ils ne semblent pas correspondre à sa division en trois parties préférée (un moteur, puis un rotor ou un connecteur, puis une troisième partie qui repousse le support) sur laquelle il fonde sa déclaration selon laquelle "la complexité est inhérente à la tâche elle-même" ( page 65). |
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| ==== Le flagelle bactérien ==== | ==== Le flagelle bactérien ==== |
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| Il est là - l'argument numéro un pour le design dans la nature. Les défenseurs de l’ID ont même réalisé un film intitulé //Bacterial Flagella: A Paradigm for Design (Bacterial Flagella: Un paradigme pour le design)//. Il est en vente sur le site Web de l'ARN ((http://www.arn.org/arnproducts/videos/v021.htm|Bacterial Flagella: A Paradigm for Design. ARN advertisement for the Flagella video. )) et brièvement discuté dans talk.origins ((http://www.google.com/groups?safe=images&ie=UTF-8&oe=UTF-8&as_ugroup=talk.origins&as_usubject=arn%20does&lr=&hl=en|Discussion of the Flagella video in the talk.origins news group. )). Behe a dit récemment: | Il est là - l'argument numéro un pour le design dans la nature. Les défenseurs de l’ID ont même réalisé un film intitulé //Bacterial Flagella: A Paradigm for Design (Bacterial Flagella: Un paradigme pour le design)//. Il est en vente sur le site Web de l'ARN (([[http://www.arn.org/arnproducts/videos/v021.htm|Bacterial Flagella: A Paradigm for Design]]. ARN advertisement for the Flagella video. )) et brièvement discuté dans talk.origins (([[http://www.google.com/groups?safe=images&ie=UTF-8&oe=UTF-8&as_ugroup=talk.origins&as_usubject=arn%20does&lr=&hl=en|Discussion of the Flagella video]] in the talk.origins news group.)). Behe a dit récemment: |
| //"Si [le biologiste Jerry] Coyne démontrait que le flagellum (bactérien) (qui nécessite environ quarante produits géniques) pouvait être produit par sélection, je serais assez bête d’affirmer ensuite que le système de coagulation sanguine (composé d’une vingtaine de protéines) nécessite une conception intelligente //. ((Behe MJ. (2001). Reply to my critics: A Response to Reviews of Darwin's Black Box: The Biochemical Challenge to Evolution. Biology and Philosophy 16(6):685-709. http://www.iscid.org/papers/Behe_ReplyToCritics_121201.pdf|Egalement en ligne.)) | //"Si [le biologiste Jerry] Coyne démontrait que le flagellum (bactérien) (qui nécessite environ quarante produits géniques) pouvait être produit par sélection, je serais assez bête d’affirmer ensuite que le système de coagulation sanguine (composé d’une vingtaine de protéines) nécessite une conception intelligente //. ((Behe MJ. (2001). Reply to my critics: A Response to Reviews of Darwin's Black Box: The Biochemical Challenge to Evolution. Biology and Philosophy 16(6):685-709. [[http://www.iscid.org/papers/Behe_ReplyToCritics_121201.pdf|Egalement en ligne]].)) |
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| Les flagelles bactériens sont nombreux, divers et compliqués. Behe conclut que tout flagelle bactérien est composé d'au moins trois parties: une pagaie, un rotor et un moteur. La natation est la fonction spécifiée comme IC (page 72). Même à ce niveau brut, le caractère IC d'un flagelle n'est pas aussi clair. Le problème est qu’il existe des éléments supplémentaires dans un flagelle complet. Par exemple, il y a des protéines à la base qui réagissent aux stimuli externes et qui allument et éteignent le moteur, et provoquent chez certains flagelles un changement de direction. Et il y a d'autres protéines qui sont disposées en anneaux où le flagelle traverse la membrane cellulaire. | Les flagelles bactériens sont nombreux, divers et compliqués. Behe conclut que tout flagelle bactérien est composé d'au moins trois parties: une pagaie, un rotor et un moteur. La natation est la fonction spécifiée comme IC (page 72). Même à ce niveau brut, le caractère IC d'un flagelle n'est pas aussi clair. Le problème est qu’il existe des éléments supplémentaires dans un flagelle complet. Par exemple, il y a des protéines à la base qui réagissent aux stimuli externes et qui allument et éteignent le moteur, et provoquent chez certains flagelles un changement de direction. Et il y a d'autres protéines qui sont disposées en anneaux où le flagelle traverse la membrane cellulaire. |
| Mais la question la plus intéressante est: un flagelle pourrait-il être un IC avec des protéines, pas des pagaie, etc. comme parties? Rappelez-vous que l’IC est supposée être le défi biochimique de l'évolution. Nous avons déjà vu que ce n’était pas si difficile, mais après tout, on a fait grand cas du caractère IC du flagelle qu’il faudrait être bien informé sur le sujet pour être plus intéressant lors des soirées :). Pour décider, il faut d'abord choisir un flagelle. Même au sein d'une même espèce bactérienne, différentes souches peuvent avoir différentes protéines et différents nombres de protéines dans leurs flagelles. Même une bactérie en forme de simple bâtonnet peut avoir des flagelles très différentes à ses extrémités et sur ses côtés. Ensuite, découvrez et répertoriez toutes les protéines de ce flagelle. Cela nécessite de décider exactement où il commence, et de la décision peut dépendre la fonction exacte que l'on a à l'esprit pour "le" flagellum. Vient ensuite la partie difficile: prouver que toutes les protéines sont nécessaires à la fonction. Bizarrement, les partisans de l’ID ne montrent aucun intérêt à faire ce travail, pas même à choisir un flagelle particulier d’une bactérie particulière. C'est comme si le simple fait d'affirmer l'IC 'du' flagelle leur donnait entière satisfaction. | Mais la question la plus intéressante est: un flagelle pourrait-il être un IC avec des protéines, pas des pagaie, etc. comme parties? Rappelez-vous que l’IC est supposée être le défi biochimique de l'évolution. Nous avons déjà vu que ce n’était pas si difficile, mais après tout, on a fait grand cas du caractère IC du flagelle qu’il faudrait être bien informé sur le sujet pour être plus intéressant lors des soirées :). Pour décider, il faut d'abord choisir un flagelle. Même au sein d'une même espèce bactérienne, différentes souches peuvent avoir différentes protéines et différents nombres de protéines dans leurs flagelles. Même une bactérie en forme de simple bâtonnet peut avoir des flagelles très différentes à ses extrémités et sur ses côtés. Ensuite, découvrez et répertoriez toutes les protéines de ce flagelle. Cela nécessite de décider exactement où il commence, et de la décision peut dépendre la fonction exacte que l'on a à l'esprit pour "le" flagellum. Vient ensuite la partie difficile: prouver que toutes les protéines sont nécessaires à la fonction. Bizarrement, les partisans de l’ID ne montrent aucun intérêt à faire ce travail, pas même à choisir un flagelle particulier d’une bactérie particulière. C'est comme si le simple fait d'affirmer l'IC 'du' flagelle leur donnait entière satisfaction. |
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| Quelle est la réponse? Existe-t-il ou non un système IC de flagelle avec des protéines comme parties ? Comme cela dépendrait de critères arbitraires, les scientifiques n’ont pas poursuivi cette question en tant que telle. Mais beaucoup de choses ont été apprises sur divers flagelles. Il est clair que tous ont absolument besoin d’un grand nombre de leurs protéines pour fonctionner en tant que systèmes de nage. Mais aucun n’est encore connu pour requérir toutes ses protéines et pour certains ce n’est pas le cas ((19)), ((Musgrave I. (2000). http://www.health.adelaide.edu.au/Pharm/Musgrave/essays/flagella.htm|Evolution of Bacterial Flagella )) ((Klose KE and Mekalanos JJ. (1998). Differential regulation of multiple flagellins in Vibrio cholerae. Journal of Bacteriology 180(2):303-16. | Quelle est la réponse? Existe-t-il ou non un système IC de flagelle avec des protéines comme parties ? Comme cela dépendrait de critères arbitraires, les scientifiques n’ont pas poursuivi cette question en tant que telle. Mais beaucoup de choses ont été apprises sur divers flagelles. Il est clair que tous ont absolument besoin d’un grand nombre de leurs protéines pour fonctionner en tant que systèmes de nage. Mais aucun n’est encore connu pour requérir toutes ses protéines et pour certains ce n’est pas le cas ((19)), ((Musgrave I. (2000). [[http://www.health.adelaide.edu.au/Pharm/Musgrave/essays/flagella.htm|Evolution of Bacterial Flagella]])) ((Klose KE and Mekalanos JJ. (1998). Differential regulation of multiple flagellins in Vibrio cholerae. Journal of Bacteriology 180(2):303-16. |
| )). Un flagelle pourrait-il être un IC avec des protéines? Sûr. Comme nous l'avons vu dans le cas beaucoup plus simple de l'hémoglobine, les protéines peuvent évoluer pour devenir codépendantes. Il peut y avoir un flagelle parfaitement IC qui n’attend que d’être découvert. | )). Un flagelle pourrait-il être un IC avec des protéines? Sûr. Comme nous l'avons vu dans le cas beaucoup plus simple de l'hémoglobine, les protéines peuvent évoluer pour devenir codépendantes. Il peut y avoir un flagelle parfaitement IC qui n’attend que d’être découvert. |
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| Malgré tout, ce ne serait pas le système de nage le plus simple. Comme le montre ce http://jb.asm.org/cgi/content-nw/full/181/23/7149/F1|diagramme, un flagelle bactérien est beaucoup plus complexe qu’un archéen. C'est en partie parce qu'il est construit à partir de, et en fait sécrété par, ce qu'on appelle un système de sécrétion de type trois (TTSS). C'est une chose compliquée en soi. C'est un tube minuscule qui commence au-dessous de la paroi cellulaire et qui la traverse, servant ainsi de conduit à l'exportation de protéines. Le flagellaire TTSS (il existe d’autres types) est spécialisé dans la sécrétion du reste d’un flagelle. La base TTSS compte comme partie du flagelle et est en soi aussi complexe qu'un flagelle archéen. | Malgré tout, ce ne serait pas le système de nage le plus simple. Comme le montre ce [[https://web.archive.org/web/20150324233527/http://jb.asm.org/cgi/content-nw/full/181/23/7149/F1|diagramme]], un flagelle bactérien est beaucoup plus complexe qu’un archéen. C'est en partie parce qu'il est construit à partir de, et en fait sécrété par, ce qu'on appelle un système de sécrétion de type trois (TTSS). C'est une chose compliquée en soi. C'est un tube minuscule qui commence au-dessous de la paroi cellulaire et qui la traverse, servant ainsi de conduit à l'exportation de protéines. Le flagellaire TTSS (il existe d’autres types) est spécialisé dans la sécrétion du reste d’un flagelle. La base TTSS compte comme partie du flagelle et est en soi aussi complexe qu'un flagelle archéen. |
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| Avez-vous remarqué qu'aucun de nos exemples complexes n'est IC au niveau moléculaire? L'argument selon lequel IC ne peut pas évoluer est avancé en termes généraux, mais c'est au niveau moléculaire que le «défi biochimique à l'évolution» est censé compter. Certes, nous avons vu que l’IC peut évoluer, mais les partisans de la "IC implique ID" sont capables de l'ignorer. Ils n’ont pas totalement ignoré le fait qu’aucun système moléculaire d’une complexité impressionnante n’a été démontré comme étant un IC. La solution proposée à ce problème est que ces systèmes ont des «noyaux IC»: si vous enlevez les protéines une à une, à un moment donné, ce qui restera deviendra un IC. Et si vous supprimez des pièces dans un ordre différent, vous pouvez trouver d'autres noyaux IC. Mais retirer arbitrairement des pièces devenues coadaptées n’est pas une "évolution à l’inverse", donc les noyaux ICs ne nous disent rien sur l’évolution. Et comment sont-ils pertinents pour IC si la nature utilise plus que le noyau? Tout ce que je sais, c'est que les noyaux IC semblent avoir de l'importance pour les partisans de l'ID. | Avez-vous remarqué qu'aucun de nos exemples complexes n'est IC au niveau moléculaire? L'argument selon lequel IC ne peut pas évoluer est avancé en termes généraux, mais c'est au niveau moléculaire que le «défi biochimique à l'évolution» est censé compter. Certes, nous avons vu que l’IC peut évoluer, mais les partisans de la "IC implique ID" sont capables de l'ignorer. Ils n’ont pas totalement ignoré le fait qu’aucun système moléculaire d’une complexité impressionnante n’a été démontré comme étant un IC. La solution proposée à ce problème est que ces systèmes ont des «noyaux IC»: si vous enlevez les protéines une à une, à un moment donné, ce qui restera deviendra un IC. Et si vous supprimez des pièces dans un ordre différent, vous pouvez trouver d'autres noyaux IC. Mais retirer arbitrairement des pièces devenues coadaptées n’est pas une "évolution à l’inverse", donc les noyaux ICs ne nous disent rien sur l’évolution. Et comment sont-ils pertinents pour IC si la nature utilise plus que le noyau? Tout ce que je sais, c'est que les noyaux IC semblent avoir de l'importance pour les partisans de l'ID. |
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| Maintenant, jetons un regard plus biologique à la question. Tout l'argument de la complexité irréductible est basé sur des fonctions, des parties, des systèmes, des organismes et des environnements //fixes//. Dans la nature, toutes ces choses varient. L'évolution, à juste titre, est entièrement dédié au changement. La recherche de ce que l’on pourrait appeler un noyau irréductible au cours de l’évolution de n’importe lequel des exemples complexes vous ramènera en arrière, encore, et encore et encore, jusqu’à qui sait quoi? Le précurseur immédiat peut très bien avoir eu plus de pièces. Ou s’il a un nombre de parties réduit, il n'est probablement pas approprié de supprimer une partie avant de modifier les parties afin qu'elles ne soient pas coadaptées et codépendantes. Peut-être que tout l'organisme devrait être modifié et placé dans un environnement différent avant de retirer une partie. Où vous arrêtez-vous ((Acton G. (1997). http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade. Talk Origins Post of the Month: February 1997. ))? | Maintenant, jetons un regard plus biologique à la question. Tout l'argument de la complexité irréductible est basé sur des fonctions, des parties, des systèmes, des organismes et des environnements //fixes//. Dans la nature, toutes ces choses varient. L'évolution, à juste titre, est entièrement dédié au changement. La recherche de ce que l’on pourrait appeler un noyau irréductible au cours de l’évolution de n’importe lequel des exemples complexes vous ramènera en arrière, encore, et encore et encore, jusqu’à qui sait quoi? Le précurseur immédiat peut très bien avoir eu plus de pièces. Ou s’il a un nombre de parties réduit, il n'est probablement pas approprié de supprimer une partie avant de modifier les parties afin qu'elles ne soient pas coadaptées et codépendantes. Peut-être que tout l'organisme devrait être modifié et placé dans un environnement différent avant de retirer une partie. Où vous arrêtez-vous ((Acton G. (1997). [[http://www.talkorigins.org/origins/postmonth/feb97.html|Behe and the Blood Clotting Cascade]]. Talk Origins Post of the Month: February 1997.))? |
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| Puisque nous avons constaté que les systèmes IC simples évoluent facilement, pourquoi les systèmes compliqués sont-ils difficiles à trouver? Certains des modes de changement qui peuvent produire une IC peuvent tout aussi bien ajouter des complications qui ne correspondent pas à la définition. La plupart des gènes appartiennent à des familles de gènes qui se sont développées au fil du temps grâce à la duplication de gènes. Le temps écoulé depuis la duplication particulière peut être estimé par la différence entre les membres de la famille. Ceci est un indice révélateur que les ancêtres de l'organisme s’accommodaient de moins de "parties". Et étant donné un grand nombre de pièces, ces pièces sont susceptibles d'avoir des fonctions supplémentaires, ce qui est une bonne raison pour avoir plus de pièces que le minimum nécessaire que ce que nous décidons d'être «la» fonction de ces pièces. Par exemple, nous avons noté précédemment que les baleines n’avaient pas l’une de nos protéines de la coagulation du sang, appelée facteur Hageman. Les personnes naissent parfois avec une mutation qui ne leur laisse que 40 à 60% de la quantité normale de facteur de Hageman. Leur sang coagule encore. Mais les femmes avec un facteur de Hageman réduit ont tendance à avoir plus de fausses couches. | Puisque nous avons constaté que les systèmes IC simples évoluent facilement, pourquoi les systèmes compliqués sont-ils difficiles à trouver? Certains des modes de changement qui peuvent produire une IC peuvent tout aussi bien ajouter des complications qui ne correspondent pas à la définition. La plupart des gènes appartiennent à des familles de gènes qui se sont développées au fil du temps grâce à la duplication de gènes. Le temps écoulé depuis la duplication particulière peut être estimé par la différence entre les membres de la famille. Ceci est un indice révélateur que les ancêtres de l'organisme s’accommodaient de moins de "parties". Et étant donné un grand nombre de pièces, ces pièces sont susceptibles d'avoir des fonctions supplémentaires, ce qui est une bonne raison pour avoir plus de pièces que le minimum nécessaire que ce que nous décidons d'être «la» fonction de ces pièces. Par exemple, nous avons noté précédemment que les baleines n’avaient pas l’une de nos protéines de la coagulation du sang, appelée facteur Hageman. Les personnes naissent parfois avec une mutation qui ne leur laisse que 40 à 60% de la quantité normale de facteur de Hageman. Leur sang coagule encore. Mais les femmes avec un facteur de Hageman réduit ont tendance à avoir plus de fausses couches. |
| ===== Pourquoi la complexité irréductible est-elle séduisante? ===== | ===== Pourquoi la complexité irréductible est-elle séduisante? ===== |
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| L’évolution ne remarque même pas si une combinaison de composants, de systèmes et de fonctions choisie par un observateur satisfait à une définition donnée dans un livre. Cela n'a pas d'importance. Voilà en quelques mots ce que les scientifiques disent depuis la publication de la Black Box de Darwin (( Ussery D. (1999). Review of Darwin's Black Box. Bios 70:40-45. There is an http://www.cbs.dtu.dk/dave/Behe.html|expanded version online (traduction [[ici]]. )) ((Cavalier-Smith, T. (1997). The Blind Biochemist. Trends in Ecology and Evolution 12(4):162-163. )) ((Roger Dorit (1997). Molecular Evolution and Scientific Inquiry, Misperceived. American Scientist 85(5):474-475. Also online. )). Pourtant, le livre a eu une grande influence auprès du public (voir par exemple les quelques 370 critiques publiées sur amazon.com ((http://www.amazon.com/exec/obidos/tg/stores/detail/-/books/0684834936/customer-reviews/|Avis sur //Darwin's Black Box// sur amazon.com. )). Et il fournit la seule raison apparemment scientifique d'enseigner l’ID dans les classes de sciences des écoles publiques. | L’évolution ne remarque même pas si une combinaison de composants, de systèmes et de fonctions choisie par un observateur satisfait à une définition donnée dans un livre. Cela n'a pas d'importance. Voilà en quelques mots ce que les scientifiques disent depuis la publication de la Black Box de Darwin (( Ussery D. (1999). Review of Darwin's Black Box. Bios 70:40-45. There is an [[http://www.cbs.dtu.dk/dave/Behe.html|expanded version online]] (traduction [[reponse_d_un_biochimiste_au_defi_biochimique_a_l_evolution|ici]]). )) ((Cavalier-Smith, T. (1997). The Blind Biochemist. Trends in Ecology and Evolution 12(4):162-163. )) ((Roger Dorit (1997). Molecular Evolution and Scientific Inquiry, Misperceived. American Scientist 85(5):474-475. Also online. )). Pourtant, le livre a eu une grande influence auprès du public (voir par exemple les quelques 370 critiques publiées sur amazon.com (([[http://www.amazon.com/exec/obidos/tg/stores/detail/-/books/0684834936/customer-reviews/|Avis]] sur //Darwin's Black Box// sur amazon.com. )). Et il fournit la seule raison apparemment scientifique d'enseigner l’ID dans les classes de sciences des écoles publiques. |
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| Comment expliquer le succès du livre auprès des profanes? Premièrement, il apparaît que l’évolution n’est guère enseignée aux États-Unis. Des connaissances de base telles que les quatre modes de changement évolutif donnés au début de cet essai montreraient au lecteur que l'évolution est beaucoup trop flexible pour que l’IC soit un problème. Des bases biologiques et une lecture attentive permettraient de comprendre que l'argument théorique de Behe selon lequel l’IC ne peut pas évoluer n'est pas valable. | Comment expliquer le succès du livre auprès des profanes? Premièrement, il apparaît que l’évolution n’est guère enseignée aux États-Unis. Des connaissances de base telles que les quatre modes de changement évolutif donnés au début de cet essai montreraient au lecteur que l'évolution est beaucoup trop flexible pour que l’IC soit un problème. Des bases biologiques et une lecture attentive permettraient de comprendre que l'argument théorique de Behe selon lequel l’IC ne peut pas évoluer n'est pas valable. |
| Pourquoi les biologistes ne sont-ils jamais convaincus que les barrières revendiquées par les créationnistes soient réelles? Cela revient toujours aux mêmes choses: dans une population à variation héritée et à de nouvelles variations par mutation ou immigration, l'évolution se produit. La sélection naturelle (au lieu de la seule dérive aléatoire) se produit si certaines variations héréditaires sont liées au succès de la reproduction. Ce processus ne prend pas en compte si les changements qui se produisent sont directs ou non, ou si quelque chose est en train de devenir IC. De même, l'évolution ne remarque tout simplement pas les autres barrières proposées par les créationnistes. | Pourquoi les biologistes ne sont-ils jamais convaincus que les barrières revendiquées par les créationnistes soient réelles? Cela revient toujours aux mêmes choses: dans une population à variation héritée et à de nouvelles variations par mutation ou immigration, l'évolution se produit. La sélection naturelle (au lieu de la seule dérive aléatoire) se produit si certaines variations héréditaires sont liées au succès de la reproduction. Ce processus ne prend pas en compte si les changements qui se produisent sont directs ou non, ou si quelque chose est en train de devenir IC. De même, l'évolution ne remarque tout simplement pas les autres barrières proposées par les créationnistes. |
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| Il y a une différence qui pourrait intéresser les conseils scolaires. Dans le passé, les créationnistes ont, bien évidemment, formé des organisations créationnistes telles que le vénérable Institute for Creation Research et le réseau Answers in Genesis. En revanche, les leaders du mouvement ID sont tous des membres éminents d'une organisation politique qui s'appelle le Discovery Institute ((46. Les liens vers The Institute for Creation Research, Answers in Genesis et des groupes de même opinion sont ici (http://www.talkorigins.org/faqs/organizations/#creation). | Il y a une différence qui pourrait intéresser les conseils scolaires. Dans le passé, les créationnistes ont, bien évidemment, formé des organisations créationnistes telles que le vénérable Institute for Creation Research et le réseau Answers in Genesis. En revanche, les leaders du mouvement ID sont tous des membres éminents d'une organisation politique qui s'appelle le Discovery Institute ((Les liens vers The Institute for Creation Research, Answers in Genesis et des groupes de même opinion sont [[http://www.talkorigins.org/faqs/organizations/#creation|ici]]. |
| Les leaders du mouvement des concepteurs intelligents sont tous des Senior Fellows (http://www.discovery.org/crsc/fellows/index.html) ou plus au Discovery Institute.)). | Les leaders du mouvement des concepteurs intelligents sont tous des [[http://www.discovery.org/crsc/fellows/index.html|Senior Fellows]] ou plus au Discovery Institute.)). |
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| ===== Conclusions ===== | ===== Conclusions ===== |
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