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-====Introduction à la Phylogénie==== 
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-Titre original : 29+ Evidences for Macroevolution - Phylogenetics Primer+Titre original : ​**29+ Evidences for Macroevolution - Phylogenetics Primer**
  
-Texte de Douglas Theobald, Ph.D. +\\ Auteur : [[http://​www.talkorigins.org/​faqs/​comdesc/​contact.html|Douglas Theobald, Ph.D.]]
  
 Copyright © 1999-2012 Copyright © 1999-2012
  
-La page originale disponible à l’adresse http://​www.talkorigins.org/​faqs/​comdesc/​phylo.html+//​Permission is granted to copy and print these pages in total for non-profit personal, educational,​ research, or critical purposes.//​ 
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 +Page originale disponible à l’adresse http://​www.talkorigins.org/​faqs/​comdesc/​phylo.html 
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 +  * [[Comdesc-2|Partie 2. Histoire passée]] 
 +  * [[Comdesc-3|Partie 3. Opportunisme évolutionniste]] 
 +  * [[Comdesc-4|Partie 4. Preuve moléculaire]] 
 +  * [[Comdesc-5|Partie 5. Changement]] 
 +  * [[Comdesc-closing|Remarques finales]] 
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 +====Introduction à la Phylogénie====
  
 L’ascendance depuis un ancêtre commun implique un processus de ramification et de divergence, commun à tout processus généalogique. Les généalogies peuvent être illustrées graphiquement par des diagrammes ressemblant à des arbres. C'est pourquoi les biologistes appellent souvent la généalogie des espèces "​l'​arbre de la vie". Dans la théorie de l'​évolution,​ de tels diagrammes sont appelés arbres phylogénétiques ou phylogénies. L’une des prédictions les plus importantes,​ les plus puissantes et les plus fondamentales de l’hypothèse de la descendance commune universelle est l’existence d’un arbre phylogénétique universel, historique et unique en son genre pour les espèces qui se reproduisent principalement par des mécanismes génétiques verticaux (un autre type d’héritage,​ le transfert horizontal de gènes, peut compliquer les phylogénies et même le concept d’espèce,​ voir Mises en garde ci-dessous). Une compréhension approfondie de la phylogénétique est nécessaire pour comprendre les déductions macro-évolutives. Le modèle qui fait consensus et que les biologistes de l'​évolution utilisent pour représenter les branches bien étayées de l'​arbre de vie universel, sera qualifié d '"​arbre phylogénétique standard"​. La figure 1 montre un exemple simplifié de certaines des branches les plus connues de l'​arbre phylogénétique universel. L’ascendance depuis un ancêtre commun implique un processus de ramification et de divergence, commun à tout processus généalogique. Les généalogies peuvent être illustrées graphiquement par des diagrammes ressemblant à des arbres. C'est pourquoi les biologistes appellent souvent la généalogie des espèces "​l'​arbre de la vie". Dans la théorie de l'​évolution,​ de tels diagrammes sont appelés arbres phylogénétiques ou phylogénies. L’une des prédictions les plus importantes,​ les plus puissantes et les plus fondamentales de l’hypothèse de la descendance commune universelle est l’existence d’un arbre phylogénétique universel, historique et unique en son genre pour les espèces qui se reproduisent principalement par des mécanismes génétiques verticaux (un autre type d’héritage,​ le transfert horizontal de gènes, peut compliquer les phylogénies et même le concept d’espèce,​ voir Mises en garde ci-dessous). Une compréhension approfondie de la phylogénétique est nécessaire pour comprendre les déductions macro-évolutives. Le modèle qui fait consensus et que les biologistes de l'​évolution utilisent pour représenter les branches bien étayées de l'​arbre de vie universel, sera qualifié d '"​arbre phylogénétique standard"​. La figure 1 montre un exemple simplifié de certaines des branches les plus connues de l'​arbre phylogénétique universel.
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 **UPGMA**: Méthode de classification basée sur une matrice de distance pour la construction d'​arbres. Rarement utilisé, il est très rapide mais suppose des taux d'​évolution constants dans tout l'​arbre (une propriété appelée ultramétricité). **UPGMA**: Méthode de classification basée sur une matrice de distance pour la construction d'​arbres. Rarement utilisé, il est très rapide mais suppose des taux d'​évolution constants dans tout l'​arbre (une propriété appelée ultramétricité).
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 ====Références==== ====Références====
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 Zhu, T., B. Korber, et al. (1998) "An African HIV-1 sequence from 1959 and implications for the origin of the epidemic."​ Nature 391: 594-597. [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​pubmed/​9468138|PubMed]] Zhu, T., B. Korber, et al. (1998) "An African HIV-1 sequence from 1959 and implications for the origin of the epidemic."​ Nature 391: 594-597. [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​pubmed/​9468138|PubMed]]
  
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-  * [[Comdesc-2|Partie 2. Histoire passée]] 
-  * [[Comdesc-3|Partie 3. Opportunisme évolutionniste]] 
-  * [[Comdesc-4|Partie 4. Preuve moléculaire]] 
-  * [[Comdesc-5|Partie 5. Changement]] 
-  * [[Comdesc-closing|Remarques finales]] 
-  * [[comdesc-glossaire|Glossaire]] 
  
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