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-====Introduction à la Phylogénie==== 
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-Titre original : 29+ Evidences for Macroevolution - Phylogenetics Primer+Titre original : **29+ Evidences for Macroevolution - Phylogenetics Primer**
  
-Texte de Douglas Theobald, Ph.D. +\\ Auteur : [[http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/contact.html|Douglas Theobald, Ph.D.]]
  
 Copyright © 1999-2012 Copyright © 1999-2012
  
-La page originale disponible à l’adresse http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/phylo.html+//Permission is granted to copy and print these pages in total for non-profit personal, educational, research, or critical purposes.// 
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 +  * [[Comdesc-phylo|Introduction à la phylogénétique]] 
 +  * [[Comdesc-1|Partie 1: L'arbre phylogénétique universel unique]] 
 +  * [[Comdesc-2|Partie 2. Histoire passée]] 
 +  * [[Comdesc-3|Partie 3. Opportunisme évolutionniste]] 
 +  * [[Comdesc-4|Partie 4. Preuve moléculaire]] 
 +  * [[Comdesc-5|Partie 5. Changement]] 
 +  * [[Comdesc-closing|Remarques finales]] 
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 +====Introduction à la Phylogénie====
  
 L’ascendance depuis un ancêtre commun implique un processus de ramification et de divergence, commun à tout processus généalogique. Les généalogies peuvent être illustrées graphiquement par des diagrammes ressemblant à des arbres. C'est pourquoi les biologistes appellent souvent la généalogie des espèces "l'arbre de la vie". Dans la théorie de l'évolution, de tels diagrammes sont appelés arbres phylogénétiques ou phylogénies. L’une des prédictions les plus importantes, les plus puissantes et les plus fondamentales de l’hypothèse de la descendance commune universelle est l’existence d’un arbre phylogénétique universel, historique et unique en son genre pour les espèces qui se reproduisent principalement par des mécanismes génétiques verticaux (un autre type d’héritage, le transfert horizontal de gènes, peut compliquer les phylogénies et même le concept d’espèce, voir Mises en garde ci-dessous). Une compréhension approfondie de la phylogénétique est nécessaire pour comprendre les déductions macro-évolutives. Le modèle qui fait consensus et que les biologistes de l'évolution utilisent pour représenter les branches bien étayées de l'arbre de vie universel, sera qualifié d '"arbre phylogénétique standard". La figure 1 montre un exemple simplifié de certaines des branches les plus connues de l'arbre phylogénétique universel. L’ascendance depuis un ancêtre commun implique un processus de ramification et de divergence, commun à tout processus généalogique. Les généalogies peuvent être illustrées graphiquement par des diagrammes ressemblant à des arbres. C'est pourquoi les biologistes appellent souvent la généalogie des espèces "l'arbre de la vie". Dans la théorie de l'évolution, de tels diagrammes sont appelés arbres phylogénétiques ou phylogénies. L’une des prédictions les plus importantes, les plus puissantes et les plus fondamentales de l’hypothèse de la descendance commune universelle est l’existence d’un arbre phylogénétique universel, historique et unique en son genre pour les espèces qui se reproduisent principalement par des mécanismes génétiques verticaux (un autre type d’héritage, le transfert horizontal de gènes, peut compliquer les phylogénies et même le concept d’espèce, voir Mises en garde ci-dessous). Une compréhension approfondie de la phylogénétique est nécessaire pour comprendre les déductions macro-évolutives. Le modèle qui fait consensus et que les biologistes de l'évolution utilisent pour représenter les branches bien étayées de l'arbre de vie universel, sera qualifié d '"arbre phylogénétique standard". La figure 1 montre un exemple simplifié de certaines des branches les plus connues de l'arbre phylogénétique universel.
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   * Attraction de longues branches: les lignages qui ont divergé il y a relativement longtemps auront tendance à se "regrouper" dans une reconstruction phylogénétique dans certaines conditions. Les raisons mathématiques sont quelque peu compliquées, mais l'utilisation de gènes (ou de régions de gènes) évoluant plus lentement permet de résoudre le problème.   * Attraction de longues branches: les lignages qui ont divergé il y a relativement longtemps auront tendance à se "regrouper" dans une reconstruction phylogénétique dans certaines conditions. Les raisons mathématiques sont quelque peu compliquées, mais l'utilisation de gènes (ou de régions de gènes) évoluant plus lentement permet de résoudre le problème.
  
- * Variation du taux entre les lignages: les taux de substitution de nucléotides peuvent différer d’un lignage à l’autre; cela peut contribuer à attirer de longues branches et à créer des topologies d'arbre incorrectes. Cependant, les méthodes du maximum de vraisemblance et des moindres carrés sont particulièrement utiles ici.+  * Variation du taux entre les lignages: les taux de substitution de nucléotides peuvent différer d’un lignage à l’autre; cela peut contribuer à attirer de longues branches et à créer des topologies d'arbre incorrectes. Cependant, les méthodes du maximum de vraisemblance et des moindres carrés sont particulièrement utiles ici.
  
   * Variation du taux au sein d'un seul gène: les taux de substitution de nucléotides peuvent varier sur la longueur d'un seul gène, ce qui exacerbe également l'attraction de longues branches.   * Variation du taux au sein d'un seul gène: les taux de substitution de nucléotides peuvent varier sur la longueur d'un seul gène, ce qui exacerbe également l'attraction de longues branches.
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 **UPGMA**: Méthode de classification basée sur une matrice de distance pour la construction d'arbres. Rarement utilisé, il est très rapide mais suppose des taux d'évolution constants dans tout l'arbre (une propriété appelée ultramétricité). **UPGMA**: Méthode de classification basée sur une matrice de distance pour la construction d'arbres. Rarement utilisé, il est très rapide mais suppose des taux d'évolution constants dans tout l'arbre (une propriété appelée ultramétricité).
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 +<TEXT align="center"> [[Comdesc-1|Partie 1: L'arbre phylogénétique universel unique]] {{fa>chevron-right}} </TEXT>
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 ====Références==== ====Références====
  
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 Brooks, D. R., and McLennan, D. A. (1991) Phylogeny, ecology, and behavior. Chicago: University of Chicago Press.  Brooks, D. R., and McLennan, D. A. (1991) Phylogeny, ecology, and behavior. Chicago: University of Chicago Press. 
  
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 Edwards, A. W. F. and Cavalli-Sforza, L. L. (1963) "The reconstruction of evolution." Annals of Human Genetics 27: 105-106.  Edwards, A. W. F. and Cavalli-Sforza, L. L. (1963) "The reconstruction of evolution." Annals of Human Genetics 27: 105-106. 
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 Felsenstein, J. (1981) "A likelihood approach to character weighting and what it tells us about parsimony and compatibility." Biol J Linn Soc Lond 16: 183-196.  Felsenstein, J. (1981) "A likelihood approach to character weighting and what it tells us about parsimony and compatibility." Biol J Linn Soc Lond 16: 183-196. 
  
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 Hillis, D. M., and Bull, J. J. (1993) "An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence on phylogenetic analysis." Syst. Biol. 42: 182-192.  Hillis, D. M., and Bull, J. J. (1993) "An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence on phylogenetic analysis." Syst. Biol. 42: 182-192. 
  
-Hillis, D. M., J. J. Bull, et al. (1992) "Experimental phylogenetics: Generation of a known phylogeny." Science 255: 589-592. [[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1736360|PubMed]]] +Hillis, D. M., J. J. Bull, et al. (1992) "Experimental phylogenetics: Generation of a known phylogeny." Science 255: 589-592. [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1736360|PubMed]] 
  
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 Li, W.-H. (1997) Molecular Evolution. Sunderland, MA: Sinauer Associates.  Li, W.-H. (1997) Molecular Evolution. Sunderland, MA: Sinauer Associates. 
  
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 Maddison, W. P., and Maddison, D. R. (1992) MacClade. Sunderland, MA: Sinauer Associates.  Maddison, W. P., and Maddison, D. R. (1992) MacClade. Sunderland, MA: Sinauer Associates. 
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 Nei, M. and Kumar, S. (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. New York, NY: Oxford University Press.  Nei, M. and Kumar, S. (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. New York, NY: Oxford University Press. 
  
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-Ou, C. Y., Ciesielski, C. A., Myers, G., Bandea, C. I., Luo, C. C., Korber, B. T., Mullins, J. I., Schochetman, G., Berkelman, R. L., Economou, A. N. and et al. (1992) "Molecular epidemiology of HIV transmission in a dental practice." Science 256: 1165-71. [[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1589796|PubMed]]] +Ou, C. Y., Ciesielski, C. A., Myers, G., Bandea, C. I., Luo, C. C., Korber, B. T., Mullins, J. I., Schochetman, G., Berkelman, R. L., Economou, A. N. and et al. (1992) "Molecular epidemiology of HIV transmission in a dental practice." Science 256: 1165-71. [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1589796|PubMed]]
  
 Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J., and Hillis, D. M. (1996) "Phylogenetic inference." In Molecular Systematics, pp 407-514. Hillis, D. M., Moritiz, C. and Mable, B. K. eds., Sunderland, Massachusetts: Sinauer.  Swofford, D. L., Olsen, G. J., Waddell, P. J., and Hillis, D. M. (1996) "Phylogenetic inference." In Molecular Systematics, pp 407-514. Hillis, D. M., Moritiz, C. and Mable, B. K. eds., Sunderland, Massachusetts: Sinauer. 
  
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 Woese, C. (1998) "The universal ancestor." PNAS 95: 6854-6859. http://www.pnas.org/cgi/ content/full/95/12/6854  Woese, C. (1998) "The universal ancestor." PNAS 95: 6854-6859. http://www.pnas.org/cgi/ content/full/95/12/6854 
  
-Wu, C. I. (1991) "Inferences of species phylogeny in relation to segregation of ancient polymorphisms." Genetics 127: 429-435. [[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2004713|PubMed]]] +Wu, C. I. (1991) "Inferences of species phylogeny in relation to segregation of ancient polymorphisms." Genetics 127: 429-435. [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2004713|PubMed]]
  
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  • Dernière modification : 2019/11/30 09:04
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